原文:用R和BioConductor進行基因芯片數據分析(一):R和BioConductor簡介

R是開源的統計計算和作圖語言,與S語言很相似。R的語法與其他語言很相似,功能很強大,可以到這里看看截圖。主頁是 http: www.r project.org 可以點擊這里下載R,這里有很權威的英文教程。本站提供幾本中文教程 pdf 的打包下載,更多的隨便搜索一下就可以找到。 BioConductor是建立在R語言環境上的生物芯片數據和基因組數據分析軟件包,主頁是 http: www.biocon ...

2012-12-05 14:33 0 8397 推薦指數:

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RBioConductor進行基因芯片數據分析(六):差異表達基因

接前一篇: 用RBioConductor進行基因芯片數據分析(五):芯片間歸一化 經過一系列的預處理,包括缺失值填充,中位數計算以及歸一化,我們的數據終於可以用啦。 下面我們就來分析一下new population和old population的個體是否有差異表達基因。 判斷一個基因是否 ...

Thu Dec 06 01:25:00 CST 2012 0 7165
RBioConductor進行基因芯片數據分析(四):芯片內歸一化

接前一篇: 用RBioConductor進行基因芯片數據分析(三):計算median 歸一化是從normalization翻譯過來的。歸一化的目的是使各次/組測量或各種實驗條件下的測量可以相互比較,消除測量間的非實驗差異。非實驗差異可能來源於樣品制備,點樣,雜交過程,雜交信號處理等。 歸一化 ...

Thu Dec 06 00:55:00 CST 2012 0 8500
RBioConductor進行基因芯片數據分析(五):芯片間歸一化

接前一篇:用RBioConductor進行基因芯片數據分析(四):芯片內歸一化 上次進行芯片內的歸一化,但是我們的數據來自於10張芯片,為了讓這10張芯片之間有可比性,需要進行芯片間歸一化。 具體原理就不介紹了。 這里用到Bioconductor的一個package,叫做limma ...

Thu Dec 06 01:12:00 CST 2012 0 5287
RBioConductor進行基因芯片數據分析(二):缺失值填充

以下分析用到的數據可以在這里(http://dl.getdropbox.com/u/308058/blog/raw_data_3_replicates.txt )下載,這個數據來自關於基因對蝴蝶遷移性的研究,樣本是20個蝴蝶個體,其中10個是當地固有個體(old),另外10個是新遷入的個體(new ...

Wed Dec 05 23:09:00 CST 2012 2 7322
RBioConductor進行基因芯片數據分析(三):計算median

接前一篇: http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2012/12/05/2803144.html 我們已經知道要分析數據對每個基因有3個重復測定值,經過缺失值填充后,每個基因都有3個可用值。 這一步很簡單,就是取這3個值的中位數,即median ...

Thu Dec 06 00:23:00 CST 2012 0 3555
r語言代寫使用Bioconductor 分析芯片數據

原文鏈接:http://tecdat.cn/?p=4764 介紹 芯片數據分析流程有些復雜,但使用 RBioconductor進行分析就簡單多了。本教程將一步一步的展示如何安裝 RBioconductor,通過 GEO 數據庫下載芯片數據, 對數據進行標准化 ...

Thu Jul 26 23:00:00 CST 2018 0 1607
R 進行高頻金融數據分析簡介

作者:李洪成 摘自:http://cos.name/wp-content/uploads/2013/11/ChinaR2013SH_Nov03_04_LiHongcheng.pdf 高頻數據 金融市場中,逐筆交易數據(transaction by transaction data ...

Wed Apr 20 21:05:00 CST 2016 1 2355
 
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