Cyclone IV E FPGA要能夠正常的工作，除了需要合理的供電外，還需要有正確的配置電路。
Cyclone IV E FPGA是基於SRAM的結構的，而SRAM中的數據掉電就會丟失，因此系統上電后，必須要由配置電路將正確的配置數據加載到SRAM中，然后FPGA才能夠正常的運行。
Cyclone IV E支持5種配置方式，分別為
主動串行方式（AS）（Active Serial）
在FPGA主動串行方式（AS）下，由FPGA主動輸出控制和同步信號給專用的串行配芯片 (EPCS系列或兼容芯片），在串行配置器件收到命令后，把配置數據發送到FPGA，完成配置過程。
配置器件可使用原廠提供的專用EPCS芯片（EPCS4、EPCS8、EPCS16、EPCS64、EPCS128），也可以使用通用的串行SPI FLASH芯片如M25P40、M25P16、W25Q16等。
由於電路簡單，成本低廉，該種方式在中小容量FPGA系統中使用較為廣泛。下圖為AS配置方式時的應用電路。
可以看到，使用該種配置方式，配置器件和FPGA之間只需連接4根信號線即可實現。DATA為配置數據傳輸線，DCLK為串行數據時鍾傳輸線，nCS為器件選中信號，ASDI為命令和數據輸出引腳。
主動並行方式（AP）（Active Parallelism）
主動並行方式和主動串行方式類似，區別在於主動並行方式使用並行接口FLASH存儲器作為配置器件，並行接口FLASH存儲器與FPGA的配置接口如下所示：
該種方式配置器件和FPGA連接需要耗費較多的FPGA管腳，但是能夠顯著提升配置數據的的傳輸速度，對於資源容量較多的FPGA器件，其配置文件的尺寸也相應的較大，因此在對配置過程的時間要求較高的場合，一般使用AP配置方式。對於較低邏輯容量或較少管腳封裝的FPGA器件中，一般不支持AP配置方式。
被動串行方式（PS）（Passive Serial）
所有Altera FPGA都支持該方式。可以由Altera的下載電纜、Altera的EPC系列配置芯片，或是智能主機（微處理器或CPLD)來配置。在PS配置時，FPGA配置數據從存儲器（可以是EPC系列配置器件或其它Flash器件）中讀出，寫人到FPGA的DATA0接口上。數據由DCLK時鍾信號引腳的上升沿打入FPGA,每個DCLK時鍾周期輸入1位數據。下圖為PS配置方式時的應用電路，該模式下用一個外部的主機如MCU或者CPLD配合存儲器實現。
其中nCONFIG是配置啟動信號，該信號的一個低電平脈沖啟動一次FPGA的配置。DCLK為串行數據時鍾，DATA0為串行數據線，nCE為被配置器件選則信號，在整個配置鏈路只配置一片FPGA的情況下，nCE引腳可以直接接地，表明一直選中。在多片FPGA串行級聯情況下，該引腳接到上一級的芯片的nCEO腳上。nCEO腳是選擇輸出腳。當一個器件被配置完成后，該引腳輸出低電平，選中級聯的下一級器件，以啟動對下一級器件的配置。如果整個鏈路上只有一片器件，該引腳懸空即可。
下圖為典型的一個PS模式配置多片級聯的FPGA的應用電路。
FPGA的配置包括3個階段：復位、配置和初始化。當nCONFIG引腳信號為低時，FPGA 處於復位狀態。從下圖可看出，FPGA的nCONFIG引腳上一個低電平到高電平的上升沿將使開漏的nSTATUS引腳被釋放，nSTATUS引腳被外部上拉電阻上拉為高電平，FPGA 進入配置模式，開始接收配置數據。在所有配置數據都加載到FPGA后，進人初始化模式 (Initialization)，在初始化完成后，進人用戶模式（User—Mode)。在配置模式和初始化模式 下，FPGA 用戶 I/O 處於高阻態，對於Cyclone 系列器件，用戶I/O有內部弱上拉。當進入用戶模式后，用戶 I/O就按照用戶設計的功能工作。
FPGA在上電后，nCONFIG引腳為低電平先進行復位，所有配置RAM內容都清空，I/O 口處於高阻態（或內部弱上拉）。FPGA的狀態引腳nSTATUS和CONF_DONE引腳輸出低 電平。當nCONFIG引腳產生一個低電平到高電平的上升沿后，FPGA進人配置模式。FPGA會首先采樣配置模式（MSEL)引腳的信號狀態，以決定采用何種配置模式。隨后，FPGA 將釋放開漏輸出的nSTATUS引腳，使其由外部上拉電阻拉到髙電平，這時表示FPGA可以接收配置數據了。在配置之前和配置過程中，用戶I/O 口都是高阻態（或內部弱上拉）。 接收配置數據時，配置數據由DATA(並行配置時為DATA[7..0])引腳送入，配置時鍾信號由DCLK引腳送入，配置數據在DCLK的上升沿被鎖存到FPGA中。當FPGA成功接收完所有配置數據后，FPGA將釋放開漏輸出的CONF_DONE引腳，CONF_DONE被外部上拉電阻上拉為高電平，CONF_DONE，表明配置完成並進入 FPGA的初始化。在初始化過程中，內部邏輯、內部寄存器和I/O寄存器將被初始化，I/O驅動器將被使能。之后，FPGA完成進入用戶模式的操作，所有內部邏輯以及I/O都按照用戶的設計運行。 INIT_DONE引腳上的信號可以指示初始化是否完成。INIT_DONE是一個可選的信號，如使用該功能，需要在Quartus II中指定。 在完成配置后，DCLK和DATA引腳不應懸空，而應被拉成固定高電平或低電平。 從上文分析可知，只要人為地在外部將nCONFIG引腳拉低一段時間，然后再拉髙，便能 重新啟動一次配置。所以市面上有些開發板廠家就在nCONFIG腳上接了一個輕觸開關到地，按下開關便能將nCONFIG拉低，然后釋放，即可啟動一次配置。
JTAG配置方式
JTAG協議制定了一種邊界掃描的規范，邊界掃描架構提供了有效的測試緊密PCB板上元件的能力。邊界掃描可以在不使用物理測試探針的情況下測試引腳連接，並在器件正常工作的過程中捕獲運行數據。對於FPGA，我們也可以使用JTAG電路來將配置數據送入器件中。對於Altera FPGA，Quartus II軟件自動生成用於使用JTAG下載器配置的.sof文件。這種配置方式也是我們在開發和調試的過程中使用最多的方式。
JTAG的指令高於一切其他配置模式，也就是說，JTAG配置方式可以打斷其他配置方式的配置過程。
對於在 JTAG 模式中的器件操作所需的四個管腳為TDI、TDO、TMS和TCK。在了解JTAG配置之前，先對這四個管腳的功能進行下介紹。
使用JTAG配置一個器件時，編程軟件（Quartus Programmer）會旁路所有其它的器件。在旁路模式下，器件通過一個旁路寄存器將編程數據從 TDI 管腳傳至 TDO 管腳，該方案的目的就是在編程軟件編程器件的時候能夠實施校驗。即通過TDI送入器件的配置數據會在一個時鍾周期之后呈現在TDO上。Quartus II 軟件在完成配置后驗證成功的 JTAG 配置。在配置結束后，軟件通過JTAG端口檢查CONF_DONE的狀態,以確認配置是否完成。如果 CONF_DONE不為高，那么 Quartus II 軟件就獲悉配置是失敗的。如果 CONF_DONE 是高的，軟件就確定配置是成功的。在使用JTAG TDI 端口連續發送配置比特流之后， TCK 端口計入一個額外的時鍾周期以執行器件的初始化。
配置方案選擇與設置
Cyclone IV E器件支持多種配置方式，那么器件在上電或者收到配置啟動信號（nCONFIG）后，就需要通過一定設置才能確定究竟使用哪種方式完成配置。在器件上，由專用的四個信號MSEL[3..0]來設置配置方式。需要注意的是，較小的 Cyclone IV E 器件或封裝選項（E144 和 F256 封裝）不具有 MSEL[3] 管腳。在不具備 MSEL[3] 管腳的 Cyclone IV E 器件，不支持使用3.0V或2.5V電平標准的主動串行快速上電復位 （AS Fast POR）配置方案和主動並行（AP）配置方案。要配置這些設備與其它支持的配置方案，根據下表中的MSEL設置選擇 MSEL[2..0] 管腳。
可以看到，當確定使用一種配置方案的時候，根據配置引腳（DCLK、DATA）所在IO Bank的IO供電電壓不同，MSEL的設置也不一樣。例如希望使用AS標准方式配置，當配置電壓標准為3.3V時，MSEL[3..0] = 0010，而當配置電壓標准為3.0V或2.5V時，MSEL[3..0] = 0011。所以，確定MSEL的前提應該是確定配置電壓標准。具體到E144或者F256的封裝上，由於沒有MSEL3，當確定使用AS方式方式配置時，如果配置電壓為3.3V，則應該設置MSEL[2..0] = 010，當確定使用PS方式配置時，如果配置電壓為3.3V，則應該設置MSEL[2..0] = 000。需要注意的是，對於MSEL信號，要么直接連接到VCCA（2.5V），要么直接連接到GND，不得懸空或者串接電阻。
如需詳細對每個知識點探查，可查看《Cyclone IV Device Handbook》文檔中相關章節，以獲得更加細致的描述。