一級目錄
/bin：包含普通用戶和系統管理員可以共享的各種通用程序，如bash、dd、gzip、grep、mv、mkdir等常用的基本命令。
/boot：包含系統引導程序GRUB及其配置文件、linux內核文件vmlinuz和磁盤內存映象文件initrd.img等重要引導文件。
/dev：包含系統支持的所有設備文件。具體來說，console表示控制台，lp0表示打印機，mem表示系統的物理內存，sda表示連接到主控制器的第一個磁盤，ttyXX表示串口設備。
/etc：包含系統管理和維護方面的所有配置文件。
/home：包含所有普通用戶的主目錄。
/lost+found：用於存儲fsck命令在檢測與修復文件系統時刪除的文件和目錄。
/media：包含移動存儲介質的掛載點，插入U盤，系統會自動將U盤掛在到該目錄的某個子目錄。
/mnt：包含所有自定義的文件系統的掛載點，可以掛在任何文件系統，包含NFS或CIFS網絡文件系統。
/opt：應用程序等附加軟件的安裝目錄，類似於windows系統中的Program Files目錄。
/proc：虛擬文件目錄，系統關閉時為空目錄，系統運行時進程文件系統根目錄，其中的部分文件系統分別對應當前正在運行的進程，可以 用於訪問當前進程的地址空間。
/root：超級用戶root的主目錄
/sbin：超級用戶管理員的常用工具，如管理和維護、系統引導和回復命令集合。
/srv：分擔了var目錄的一些功能，保存了一些網絡服務所需的數據文件。
/sys：和proc一樣的虛擬目錄，系統各種設備信息的根目錄，如block子目錄中包含有磁盤及磁盤分區的配置信息。
/tmp：臨時文件目錄，用於存儲系統運行過程生成的臨時文件，也可以供用戶存儲自己的臨時文件。需要注意的是，只是文件的創建者才可以刪除響應文件。
/usr：既可以作為根目錄下的一個子目錄，其中保存系統提供的各種共享數據（用戶命令、庫函數、頭文件、文檔等），又可以作為一個單獨的文件系統，可以認為是對根木的一個遞歸目錄，是的文件系統具有更大的靈活性。
/var：該目錄和usr類似，首先是根目錄下的子目錄，也可以作為單獨的文件系統，用於存儲各種可變長的數據文件（如日志文件）、暫存文件或待處理的臨時文件。
重要的二級目錄
/boot/grub：其中存有GRUB配置文件，一級三種不同類型的初始引導程序。
/etc/apt：包含軟件管理工具使用的配置文件，如sources.list。
/etc/cron.d：用於存儲cron進程調度運行后台進程所用的配置文件和控制文件。其它有關目錄cron.hourly,cron.daily,cron.weekly,cron.monthly四個目錄。
/etc/init.d：用於存儲系統啟動引導過程中需要init調度執行的腳本文件。
/etc/network：包含網絡接口的配置文件interfaces，一級相關的配置文件。
/etc/X11：包含X服務器使用的各種配置文件，如xorg.conf等。
/usr/bin 包含用戶經常使用的各種命令
/usr/include 用於存儲各種C語言頭文件。這個目錄及其子目錄是開發人員經常引用的文件。其中sys、linux和bits等子目錄中定義的數據結構，對於深入學習、理解和掌握Linux系統具有極大的參考價值
/usr/lib 其中包含各種共享的庫函數，可供程序員已靜態或動態的方式鏈接自己開發的程序
/usr/sbin 包含系統引導完成之后系統管理員經常使用的各種系統管理和維護命令
/usr/share 共享目錄 包含man（聯機文檔的根目錄）、info（GNU info文檔的根目錄）、doc（各種軟件包特定的文檔）、locale（語言環境）、vim(用戶指南)、zoneinfo（時區定義）等子目錄
/usr/src 存放linux系統內核的源代碼和文檔等
/var/lib 存儲軟件包特定的動態鏈接共享庫、配置文件、數據文件和狀態信息等
/var/log 系統守護進程日志文件的存儲目錄，其中包括lastlog（每個用戶最后一次登錄的時間）、messages（由syslogd記錄的所有內核和系統程序的日志消息）及wtmp（所有用戶的系統注冊/注銷記錄）等重要文件。位於/var/log中的文件會不斷地增長，因而要求定期備份或刪除，通常linux系統均采用日、周或月為時間周期，定期執行例程檢查，以循環截取的方式，刪除過時的數據，保留一定時間范圍的最新數據，使文件的大小保持一個適中的規模。在Ubuntu Linux系統中，每日將會執行一次logrotate程序，檢查並處理系統日志文件。
/var/lock 用於存儲各種服務進程或應用程序訪問特定的設備或文件時設置的封鎖文件
/var/run 系統運行信息文件的根目錄，其中包括各種.pid文件中存有守護進程的PID。另外一個最典型的文件是/var/run/utmp,其中包含當前系統中用戶注冊信息
/var/spool 用於緩存各種等待處理的文件，如打印服務等。通常每類待處理的緩存文件均位於各自的子目錄中，如/var/spool/cups等
/var/tmp 用於存儲各種臨時文件