問題：
- Trios分析的基本原理和假設
- Trios分析應用的場景？
- Trios與其他方法相比的優缺點
- Trios研究的經典案例
Trios分析的基本原理和假設
從醫院的病例開始，我們收集了一些特病表型的病人，不知道致病原因pathogenesis，有可能是遺傳病genetic，也有可能是外在因素導致的environmental。
最開始的探索手段就是，測序，然后找編碼區序列的變異，是否有能定位到的失活蛋白，然后去小鼠里驗證，如果該疾病就是由一個基因導致的，那就叫做單基因病。
致病突變的必要條件——家系遺傳共分離
如果一個變異是導致某種單基因病的，那么患者一定是以致病方式攜帶（比如對於常染色體顯性遺傳病，就是雜合攜帶，對於常染色體隱性遺傳病，就是純合或復合雜合方式攜帶），而其沒有患病的家族成員（比如其父母）則應該是以非致病方式攜帶（比如對於常染色體顯性遺傳病，就是不攜帶的野生型，而對於常染色體隱性遺傳病，就是雜合攜帶或不攜帶）。這種在一個家系里，相同表型和基因型的連鎖綁定，以及不同表型和基因型的明確區分，被稱為遺傳學共分離。
遺傳學共分離現象為判斷變異的致病性提供了重要依據。
Trios分析應用的場景？
高效篩選病人群體里的致病的編碼區突變，找到直接與疾病關聯的基因。
Trios與其他方法相比的優缺點
傳統的遺傳病基因檢測，由於成本原因，大多是先檢測先證者的編碼區序列，如果發現了可疑的變異，再用Sanger測序驗證其父母是否攜帶該變異，進而判斷是否存在遺傳共分離，這可以叫做“單人再驗證”模式。
家系（Trios）模式則是一次同時對先證者及其父母進行NGS檢測，對先證者的每一個變異都進行三人的平行比對，看是否符合共分離。
與GWAS比
sample size太小，只能鑒定出特定家系里面的致病突變，這些突變可能是非常rare的coding突變。
Trios研究的經典案例
Nature Genetics | Trios模式的全外顯子捕獲測序揭示疾病新機制
Causal inference in genetic trio studies
參考：