1. GATK GenotypeConcordance
p<-ggplot(data=data1,mapping=aes(x = TRUTH_SAMPLE,y=NON_REF_GENOTYPE_CONCORDANCE,colour=VARIANT_TYPE,shape=VARIANT_TYPE ))+geom_point(size=2)+scale_color_brewer(palette = 'Accent')+labs(x="Samples",y="Concordance",title="Zbolt_15X vs Downloded_30X")+theme( panel.grid=element_blank(),axis.text=(element_text(size=6)),axis.title=(element_text(size=11)),plot.title=element_text(hjust = 0.5))+scale_x_discrete(labels=paste0("",1:50))
p1<-p+geom_hline(yintercept =0.989,color="#44758E",linetype="dashed",size=1)+geom_hline(yintercept =0.804,color="#44758E",linetype="dashed",size=1)+annotate('text',x=25,y=1,label="SNP Mean Concordance:0.989",size=3)+annotate('text',x=25,y=0.815,label="INDEL Mean Concordance:0.804",size=3)
ggsave("./zbolt_test.png",width = 8,height = 6,plot=p1)
注：
因為x軸是樣本名，不是連續型變量，所以不能用scale_x_continuous(),得用scale_x_discrete(labels=paste0("",1:50))，生成字符串向量。這種樣本名不重要的情況，可以直接用1:length(sample)數值向量替換，便於操作。
geom_point(size=2) 點的大小
scale_color_brewer(palette = 'Accent') 設置點不同變量的配色模版
labs 設置x,y,標題的名稱
axis.text 軸刻度名的大小 就是1 2 3..50的大小，防止太密了重疊。
+scale_x_discrete(labels=paste0("",1:50)) 復寫橫坐標label 標簽。因為之前樣本名字數太多，沒必要
annotate('text',x=25,y=1,label="SNP Mean Concordance:0.989",size=3)+annotate('text',x=25,y=0.815,label="INDEL Mean Concordance:0.804",size=3) 這里x,y 表示文字中心 對應在圖坐標的位置。size是字體大小，可以參照點設置尺寸的大小
顏色取色器：在AI打開圖片，用吸管工具點擊要取的區域，在右邊屬性欄點擊填色，#nnmmdd 即與ggplot2通用的十六進制
選擇顏色：
1）可以在此AI此界面，想要顏色對應的十六進制，；
2）根據數據類型，選擇配色建議ggplot配色建議 https://colorbrewer2.org/
3）ggplot2自帶配色模版
通過element_text （屬於ggplot2主題系統）來設置圖中各文本元素的格式。如用於：
axis.title.x x軸標簽/標題
axis.title.y y軸標簽/標題
axis.text.x x軸刻度標簽
axis.text.y y軸刻度標簽
legend.title 圖例標題文本
legend.text 圖例文本
plot.title 圖的主標題
plot.subtitle 圖副標題
plot.caption 圖的腳注
plot.tag 繪圖的標簽
# ggplot 允許多個調控函數共同作用，即圖層疊加。如geom_text ,annotate,element_text 共同作用很正常