這個問題應該分為兩個：FPGA高速接口協議， FPGA PCIE 功能運用。
如果FPGA 來做PCIE 的話，X，A 廠的PCIE phy，link，trans layer 都是硬核 + logic實現，並且IP接口，驅動, 廠商均已經提供好，如果要運用PCIE 的話，直接使用對應的IP+Driver即可。
- FPGA高速接口協議：
Phy
需要用到，Tranciver(收發器 單lane可達30Gbps) 和 Serdes(普通高速IO 單lane可達 1.5Gbps)。所以只需要熟悉並掌握對應的文檔和應用即可，最好結合實際硬件進行學習。
協議IP
最主要的是閱讀 協議文檔，並了解自己需要實現協議的哪一部分。可以去 opencore，github上去翻翻看別人的代碼。
Eth 提供的Phy + Mac 層IP, 上層需要 自己實現。(閱讀相關文檔，或者使用IP 對應的driver, 嵌入式軟件實現)。
Sata 廠商提供 Phy。 link, trans layer + driver 均需要自己實現。
Pcie 可以不用管協議直接使用xdma 等IP，或者使用比較基礎的pcie IP（xdma 內部就是 pcie ip + dma ip）自己實現TLP (傳輸層協議)。大部分運用使用官方IP即可（xilinx windows 驅動問題較多）。
- FPGA PCIE 功能運用：
以xilinx為例
第一個IP 直接封裝硬核 需要自己去封裝TLP 包，可以生成Example 去查看TLP 相關協議如何工作。運用的使用還需要再stream外層對數據進行打包，比較復雜。
第二個IP 就是將IP 封裝為AXI Mem接口，對外直接讀寫數據，無法看到協議控制等內容。並且驅動以及IP控制沒有提供sgdma 的方式，應用層內存管理較為復雜。
第三個IP 算是用的最多的，在第二個基礎上增加了SGDMA 的功能，Root端運用非常方便。Example 直接可以在 windows/linux/mac 上運行。
（這個IP的windows驅動問題較多，不過勉強可用）。
PCIe研究的人挺多的，網上資料也很多。
1、先在網上搜PCIe關鍵字，把各個論壇、博客上相關內容都熟悉一下，建立對PCIe體系結構的初步概念。
2、需要閱讀pcie spec，可以配合MINDSHARE的PCI Express Technology，這一步可能需要反復重復才能弄懂。
3、看懂XILINX/INTEL等FPGA原廠PCIe IP的datasheet。
4、可以用官方PCIe Example，在開發板上跑起來。
還要看你學習的目的，如果你的目的是精通PCIe協議本身，那么最重要的是上述第2步，如果你的目的僅僅是把PCIe用起來，那就簡單了，FPGA原廠提供各種功能完善的PCIe IP，比如XILINX的PCIe AXI Bridge等IP，這些IP已經把復雜的PCIe接口屏蔽，用戶面對的是相對簡單的AXI接口。
樓上也提到MINDSHARE，去MINDSHARE官網看看，不光是PCIe，很多高速接口協議，比如SATA、NVMe、USB等等，它們都有出詳解。
