兩者的根本區別是表記錄的排列順序和與索引的排列順序是否一致。
1.聚集索引一個表只能有一個，而非聚集索引一個表可以存在多個。
2.聚集索引存儲記錄是物理上連續存在，而非聚集索引是邏輯上的連續，物理存儲並不連續。
3.聚集索引查詢數據速度快，插入數據速度慢;非聚集索引反之。
聚集索引表記錄的排列順序與索引的排列順序一致，優點是查詢速度快，因為一旦具有第一個索引值的紀錄被找到，具有連續索引值的記錄也一定物理的緊跟其后。
聚集索引的缺點是對表進行修改速度較慢，這是為了保持表中的記錄的物理順序與索引的順序一致，而把記錄插入到數據頁的相應位置，必須在數據頁中進行數據重排，降低了執行速度。
非聚集索引指定了表中記錄的邏輯順序，但記錄的物理順序和索引的順序不一致，聚集索引和非聚集索引都采用了B+樹的結構，但非聚集索引的葉子層並不與實際的數據頁相重疊，而采用葉子層包含一個指向表中的記錄在數據頁中的指針的方式。非聚集索引比聚集索引層次多，添加記錄不會引起數據順序的重組。
聚集索引:物理存儲按照索引排序
非聚集索引:物理存儲不按照索引排序
聚集索引在插入數據時速度要慢(時間花費在“物理存儲的排序”上，也就是首先要找到位置然后插入),但查詢數據比非聚集數據的速度快
聚集索引：該索引中鍵值的邏輯順序決定了表中相應行的物理順序。
聚集索引確定表中數據的物理順序。聚集索引類似於電話簿，后者按姓氏排列數據。由於聚集索引規定數據在表中的物理存儲順序，因此一個表只能包含一個聚集索引。但該索引可以包含多個列（組合索引），就像電話簿按姓氏和名字進行組織一樣。
聚集索引使用注意事項
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定義聚集索引鍵時使用的列越少越好。
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包含大量非重復值的列。
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使用下列運算符返回一個范圍值的查詢：BETWEEN、>、>=、< 和 <=。
被連續訪問的列。
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返回大型結果集的查詢。
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經常被使用聯接或 GROUP BY 子句的查詢訪問的列；一般來說，這些是外鍵列。對 ORDER BY 或 GROUP BY 子句中指定的列進行索引，可以使 SQL Server 不必對數據進行排序，因為這些行已經排序。這樣可以提高查詢性能。
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OLTP 類型的應用程序，這些程序要求進行非常快速的單行查找（一般通過主鍵）。應在主鍵上創建聚集索引。
聚集索引不適用於：
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頻繁更改的列 。這將導致整行移動（因為 SQL Server 必須按物理順序保留行中的數據值）。這一點要特別注意，因為在大數據量事務處理系統中數據是易失的。
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寬鍵 。來自聚集索引的鍵值由所有非聚集索引作為查找鍵使用，因此存儲在每個非聚集索引的葉條目內。
非聚集索引：數據存儲在一個地方，索引存儲在另一個地方，索引帶有指針指向數據的存儲位置。
非聚集索引中的項目按索引鍵值的順序存儲，而表中的信息按另一種順序存儲（這可以由聚集索引規定）。對於非聚集索引，可以為在表非聚集索引中查找數據時常用的每個列創建一個非聚集索引。有些書籍包含多個索引。例如，一本介紹園藝的書可能會包含一個植物通俗名稱索引，和一個植物學名索引，因為這是讀者查找信息的兩種最常用的方法。