相同點：1.兩者皆可開發web項目。2.兩者基於事件機制編寫程序。
不同點：1.web應用程序在程序運行階段不允許修改后台代碼；網站在運行中可以隨時修該后台代碼，前台刷新即可。2.web應用程序命名空間管理方便，網站項目命名空間不好區分。
ASP.NET WEB應用程序與網站的選擇：
一般情況下兩種開發方式可以根據開發者喜好選擇，而大型項目一般都選擇web應用程序，因為程序框架比較清晰。
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