摘要
HiCPlotter is a Python data visualization tool for integrating different data types with interaction matrixes
安裝
git clone https://github.com/akdemirlab/HiCPlotter.git
使用
# 全基因組作圖
python HiCPlotter/HiCPlotter.py -f \
hic/6a_rep1_cut9bp/hic_results/matrix/sample1/iced/1000000/sample1_1000000_iced.matrix(對應分辨率的標准化矩陣)\
-o 6a_rep_cut9bp（輸出文件名前綴） -r 1000000（分辨率） -tri 1 -bed \
hic/6a_rep1_cut9bp/hic_results/matrix/sample1/raw/1000000/sample1_1000000_abs.bed（對應分辨率的互作絕對值矩陣）\
-n 6a_rep（圖中標題） -wg 1（是否繪制全基因組） -chr NC_006088.5（全基因組按順序的最后一個染色體/scaffold）
# 個別染色體作圖
python HiCPlotter/HiCPlotter.py -f \
hic/cau_silkie/hic_results/matrix/3sampleIn1_notreat/iced/500000/3sampleIn1_notreat_500000_iced.matrix \
-o silkie_chr1 -r 500000 -tri 1 -bed \
hic/cau_silkie/hic_results/matrix/3sampleIn1_notreat/raw/500000/3sampleIn1_notreat_500000_abs.bed \
-n silkie_chicken_chr1 -chr Scaffold_1
出圖
全基因組
個別染色體
