Q1、10X單細胞測序可以研究什么RNA？
10X單細胞測序利用polyT標記polyA，因此含有polyA的mRNA可以通過10X單細胞測序方法進行研究，包括真核生物的mRNA，部分lncRNA，以及有polyA的部分病毒的RNA。不含有polyA的RNA，如miRNA，circRNA、原核生物的mRNA以及核糖體RNA，則不能用現有的方法進行分析。除mRNA以外的研究，可參考以下文章：
LncRNA的單細胞水平研究：
Q2、都是單細胞測序，10X單細胞測序和smart-seq有什么區別？
smart-seq是一個細胞建一個文庫，因此價格是按照細胞數目進行計算的，這決定了當細胞通量達到較大數值時，項目預算會非常巨大。10X是一個樣本一個文庫，單個樣本的細胞數目是幾千到一萬，因此價格核算到細胞水平，每個細胞的價格在幾元。因此10X單細胞測序更有利於高通量的單細胞轉錄組研究。Smart-seq是一個全長轉錄組的測序，10X單細胞只針對3’端或5’端的150bp的測序，因此，如果想要關注全轉錄本的序列，smart-seq是更好的選擇。10X僅適用於直徑在40um以下的細胞，因此，若想要研究直徑較大的細胞，可選擇smat-seq或者10X的單細胞核測序。
Q3、10X單細胞測序和smart-seq可以放在一起分析嗎？
可以的。
不過數據需要標准化。通常需要比較大量的smart-seq數據才可以。
Q7、拿到數據不知道怎么用怎么辦？
這是發表文章的關鍵所在，也是研究者需要不斷思考的問題。小編根據不同文獻整理了幾個可供分析的出發點，謹供參考。
1. 從case組是否存在特殊類群細胞出發；
2. 從case組和control組的特定細胞類群的數目出發；
3. 從case和control組的差異表達基因出發。
檢測到腫瘤病人組織特有的細胞類群TSK，分析這群細胞在組織上的分布，確定這些細胞在腫瘤擴展中的意義。
發現在case組中的兩個細胞類群（小膠質細胞和星形膠質細胞）的細胞數目存在差異；進而關注到這兩類細胞，將這兩類細胞進行重新分群，發現case組的subcluster0和1的細胞數目存在差異；進而關注到這兩個亞群的細胞，分析這兩個亞群的marker基因。
分析case和control的差異表達基因，此處設置了青年組，中年組和老年組三組的兩兩比較。首先比較了不同細胞類型在組間的差異基因，並挑選了隨着年齡增長表達上調和下調的基因，做擬時序分析，針對某一個geneset，分析geneset在組間的差異。分析組間差異的轉錄因子和下游基因，以及組間差異基因的GO分析。
REF
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