生信技能樹R語言部分學習筆記
dir() #列出工作目錄下的文件
ls() #列出環境中的變量
1. 認識csv格式
csv打開方式：
(1)默認excel
(2)記事本打開
(3)sublime（適用大文件）
(4)R語言讀取：讀進R語言之后的數據是一個數據框，可賦值，變量名與文件名無必然聯系，對數據框進行的修改不會同步到表格文件。
2. 認識分隔符
常見分隔符：
逗號，
空格
制表符（\t）
CSV: Comma Separated Values
TSV: Tab Separated Values
后綴名沒有意義，只是人為定義的格式后綴，約定俗成。在windows電腦上可以更好的綁定打開該文件的軟件。
其本質都是純文本文件。
3. 將表格文件讀入R語言，成為數據框
read.csv()——通常讀取csv格式
read.table()——通常讀取txt格式
直接讀取文件失敗，就需要指定一些參數.
eg: read.table()中的header=T表示讀取文件的列名，默認是header=F
read.csv()中header默認是T；
row.names = 1把第一列設置為行名；
check.names = F防止列名發生改變？
comment.char = "!"指出以什么字符開始的是文件的注釋，這里指出以！開始的是注釋
4. 將數據框導出，成為表格文件
(1) 導出為csv格式：write.csv()
write.csv(test, file="example.csv")
test是要導出的數據框的變量名，"example.csv"是導出到的文件名
write.table(test, file="example.csv", sep=',')與上面的方法等價
(2)導出txt格式：write.table()
write.table(test, file="example.txt")
處理數據流程：讀取---->編輯修改---->導出
注意：最好不要覆蓋原文件（讓代碼可重復，數據可重現）
5. R特有的數據格式：Rdata
- 是R語言特有的數據存儲格式，無法用其他軟件打開
- 保存的是變量，不是表格文件，所有不涉及賦值
save()保存，load()加載
eg:
save(test, file="example.Rdata")
load("example.Rdata")
注意：save()中的形參file必須要寫，保存多個變量的格式save(ex1, ex2, file="tempt.Rdata")
Rproject的組織形式：
(1)腳本(.R)
(2)數據(.Rdata)
(3)表格(.txt or .csv)
常見報錯：找不到文件
可能的原因：
(1)原因1：文件沒有存放於工作目錄下（解決：Rproject）
(2)原因2：拼寫錯誤(解決：用tab自動補齊)
注意：默認參數不適用於當前讀取的文件也會報錯
查看數據結構：class()
查看數據類型：str()
R語言能讀取的文件格式
(1)通用格式
csv, xls, txt, tsv, json, pdf, spss...
(2)生信格式
fasta, fastq, bam, vcf, bed, gtf...
用於讀取/導出文件的R包
(1)base包中
讀取：read.table(), read.csv(), read.delim()
寫入：write.table(), write.csv()
(2)readr包中
讀取：read_table(), read_csv(), read_tsv()
寫入：write_table(), write_csv()
(3)data.table包中
fread()
(4)rio包中
讀取：import(), import_list()
寫入：export()
library(rio) #讀取和輸出xlsx文件非常好
x <- import("ex2_B cell receptor signaling pathway.csv") #按照后綴識別文件
View(x)
export(x,"ad.xlsx")
#import_list() 可以讀取多個工作簿