BeyondCompare支持不同的版本控制系統相關工具，官網說明: http://www.scootersoftware.com/support.php?zz=kb_vcs。本文僅針對比較常用的TortoiseSVN/TortoiseGit進行說明
TortoiseSVN
在資源管理器右鍵菜單中：TortoiseSVN-Settings
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設置比較不同版本文件的程序，選擇External(外部)，在下面文本框中填入如下內容，其中前半部分是BComp.exe所在目錄：
"C:\Program Files\Beyond Compare 4\BComp.exe" %base %mine /title1=%bname /title2=%yname /leftreadonly -
設置讀取GNU patch files的程序，選擇External(外部)，在下面文本框中填入BCompare.exe所在目錄：
C:\Program Files\Beyond Compare 4\BCompare.exe
- 設置解決文件沖突的程序,選擇External(外部)，在下面文本框中填入如下內容，其中前半部分是BComp.exe所在目錄：
"C:\Program Files\Beyond Compare 4\BComp.exe" %mine %theirs %base %merged /title1=%yname /title2=%tname /title3=%bname /title4=%mname
操作完成后點擊確定結束。
TortoiseGit
在資源管理器右鍵菜單中：TortoiseGit-Settings，后續操作步驟和TortoiseSVN相同:
