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InnoDB支持事務，MyISAM不支持，對於InnoDB每一條SQL語言都默認封裝成事務，自動提交，這樣會影響速度，所以最好把多條SQL語言放在begin和commit之間，組成一個事務；
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InnoDB支持外鍵，而MyISAM不支持。對一個包含外鍵的InnoDB表轉為MYISAM會失敗；
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InnoDB是聚集索引，數據文件是和索引綁在一起的，必須要有主鍵，通過主鍵索引效率很高。但是輔助索引需要兩次查詢，先查詢到主鍵，然后再通過主鍵查詢到數據。因此，主鍵不應該過大，因為主鍵太大，其他索引也都會很大。而MyISAM是非聚集索引，數據文件是分離的，索引保存的是數據文件的指針。主鍵索引和輔助索引是獨立的。
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InnoDB不保存表的具體行數，執行select count(*) from table時需要全表掃描。而MyISAM用一個變量保存了整個表的行數，執行上述語句時只需要讀出該變量即可，速度很快；
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Innodb不支持全文索引，而MyISAM支持全文索引，查詢效率上MyISAM要高
| MyISAM | InnoDB | |
|---|---|---|
| 構成上的區別： | 每個MyISAM在磁盤上存儲成三個文件。第一個文件的名字以表的名字開始，擴展名指出文件類型。 .frm文件存儲表定義。 數據文件的擴展名為.MYD (MYData)。 索引文件的擴展名是.MYI (MYIndex)。 | 基於磁盤的資源是InnoDB表空間數據文件和它的日志文件，InnoDB 表的大小只受限於操作系統文件的大小，一般為 2GB |
| 事務處理上方面: | MyISAM類型的表強調的是性能，其執行數度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持 | InnoDB提供事務支持事務，外部鍵（foreign key）等高級數據庫功能 |
| SELECT UPDATE,INSERT，Delete操作 | 如果執行大量的SELECT，MyISAM是更好的選擇 | 1.如果你的數據執行大量的INSERT或UPDATE，出於性能方面的考慮，應該使用InnoDB表 2.DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除。 3.LOAD TABLE FROM MASTER操作對InnoDB是不起作用的，解決方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，導入數據后再改成InnoDB表，但是對於使用的額外的InnoDB特性（例如外鍵）的表不適用 |
| 對****AUTO_INCREMENT的操作 | 每表一個AUTO_INCREMEN列的內部處理。 MyISAM為INSERT和UPDATE操作自動更新這一列**。這使得AUTO_INCREMENT列更快（至少10%）。在序列頂的值被刪除之后就不能再利用。(當AUTO_INCREMENT列被定義為多列索引的最后一列，可以出現重使用從序列頂部刪除的值的情況）。 AUTO_INCREMENT值可用ALTER TABLE或myisamch來重置 對於AUTO_INCREMENT類型的字段，InnoDB中必須包含只有該字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立聯合索引 更好和更快的auto_increment處理 | 如果你為一個表指定AUTO_INCREMENT列，在數據詞典里的InnoDB表句柄包含一個名為自動增長計數器的計數器，它被用在為該列賦新值。 自動增長計數器僅被存儲在主內存中，而不是存在磁盤上 關於該計算器的算法實現，請參考 AUTO_INCREMENT列在InnoDB里如何工作 |
| 表的具體行數 | select count() from table,MyISAM只要簡單的讀出保存好的行數，注意的是，當count()語句包含 where條件時，兩種表的操作是一樣的 | InnoDB 中不保存表的具體行數，也就是說，執行select count(*) from table時，InnoDB要掃描一遍整個表來計算有多少行 |
| 鎖 | 表鎖 | 提供行鎖(locking on row level)，提供與 Oracle 類型一致的不加鎖讀取(non-locking read in SELECTs)，另外，InnoDB表的行鎖也不是絕對的，如果在執行一個SQL語句時MySQL不能確定要掃描的范圍，InnoDB表同樣會鎖全表， 例如update table set num=1 where name like "%aaa%" |
在選擇存儲引擎時，應該根據應用系統的特點選擇合適的存儲引擎。對於復雜的應用系統，還可以根據實際情況選擇多種存儲引擎進行組合。以下是幾種常用的存儲引擎的使用環境。
- InnoDB : 是Mysql的默認存儲引擎，用於事務處理應用程序，支持外鍵。如果應用對事務的完整性有比較高的要求，在並發條件下要求數據的一致性，數據操作除了插入和查詢意外，還包含很多的更新、刪除操作，那么InnoDB存儲引擎是比較合適的選擇。InnoDB存儲引擎除了有效的降低由於刪除和更新導致的鎖定， 還可以確保事務的完整提交和回滾，對於類似於計費系統或者財務系統等對數據准確性要求比較高的系統，InnoDB是最合適的選擇。
- MyISAM ： 如果應用是以讀操作和插入操作為主，只有很少的更新和刪除操作，並且對事務的完整性、並發性要求不是很高，那么選擇這個存儲引擎是非常合適的。
- MEMORY：將所有數據保存在RAM中，在需要快速定位記錄和其他類似數據環境下，可以提供幾塊的訪問。MEMORY的缺陷就是對表的大小有限制，太大的表無法緩存在內存中，其次是要確保表的數據可以恢復，數據庫異常終止后表中的數據是可以恢復的。MEMORY表通常用於更新不太頻繁的小表，用以快速得到訪問結果。
- MERGE：用於將一系列等同的MyISAM表以邏輯方式組合在一起，並作為一個對象引用他們。MERGE表的優點在於可以突破對單個MyISAM表的大小限制，並且通過將不同的表分布在多個磁盤上，可以有效的改善MERGE表的訪問效率。這對於存儲諸如數據倉儲等VLDB環境十分合適。