理論上來說js標簽放在html文檔的任何位置都可以，規范起見，推薦放到body結束標簽的末尾，包含到body標簽內：
<body>
<!-- 這里是其他的HTML標簽 -->
<script> // 這里是代碼 </script>
</body>
這樣處理的好處是無需擔心因頁面未完成加載，造成DOM節點獲取不到，使腳本報錯的問題，而且能避免因腳本運行緩慢造成頁面卡死的問題。另外，Yahoo的前端優化指南里就有這一條。
放在body后面是等body載入完后，依次往下執行，避免，先載入了js，缺找不到body里面的dom對象而造成js出錯，所以一般要用window.onload來判斷頁面是否載入完成。
參考資料
一般script標簽會被放在頭部或尾部。頭部就是里面，尾部一般指里[4-5]。
將script放在里，瀏覽器解析HTML，發現script標簽時，會先下載完所有這些script，再往下解析其他的HTML。討厭的是瀏覽器在下載JS時，是不能多個JS並發一起下載的。不管JS是不來來自同一個host，瀏覽器最多只能同時下載兩個JS，且瀏覽器下載JS時，就block掉解析其他HTML的工作[1]。將script放在頭部，會讓網頁內容呈現滯后，導致用戶感覺到卡。所以yahoo建議將script放在尾部，這樣能加速網頁加載。
將script放在尾部的缺點，是瀏覽器只能先解析完整個HTML頁面，再下載JS。而對於一些高度依賴於JS的網頁，就會顯得慢了。所以將script放在尾部也不是最優解，最優解是一邊解析頁面，一邊下載JS。
所以[2]提出了一種更modern的方式：使用async和defer。80%的現代瀏覽器都認識async和defer屬性[3]，這兩個屬性能讓瀏覽器做到一邊下載JS(還是只能同時下載兩個JS)，一邊解析HTML。他的優點不是增加JS的並發下載數量，而是做到下載時不block解析HTML。
<script type="text/javascript" src="path/to/script1.js" async></script> <script type="text/javascript" src="path/to/script2.js" async></script>帶async屬性的script會異步執行，只要下載完就執行，這會導致script2.js可能先於script1.js執行（如果script2.js比較大，下載慢）。defer就能保證script有序執行，script1.js先執行，script2.js后執行。
結論
- [2]認為，如果可以不考慮支持<IE9的IE，最好的做法是將script標簽放在head中，並使用async/defer屬性。這樣瀏覽器就能一邊下載JS，一邊解析其他的HTML。
- Google自己的代碼script放的也有點亂，有的放在后面[6]，有的放在里面[7]，還有的放在里面[8]。總體來說，放在里其實是最常見的做法。
- 本文只討論script的位置，至於link和style，還是放在head里的做法比較常見。link也是要下載CSS的啊，為毛不考慮下載CSS阻塞HTML解析的問題呢？其實，一般情況下，JS和CSS，放在head和放在body區別不大。CSS的link放在body也是可以的，只是可能導致頁面暫時沒有樣式[9-10]。
參考
[1] https://developer.yahoo.com/performance/rules.html#js_bottom=
[2] http://stackoverflow.com/questions/436411/where-is-the-best-place-to-put-script-tags-in-html-markup
[3] http://caniuse.com/#search=defer
[4] https://github.com/IgorMinar/foodme/blob/master/app/index.html
[5] https://github.com/GoogleChrome/wReader-app/blob/master/index.html
[6] https://github.com/GoogleChrome/multi-device/blob/master/_preview.html
[7] https://github.com/GoogleChrome/samples/blob/b2668086c25470e107e59f4ffa92dc0c21c63de3/beacon/index.html
[8] https://github.com/GoogleChrome/web-audio-samples/blob/gh-pages/samples/audio/adaptive-release.html
[9] http://stackoverflow.com/questions/4957446/load-external-css-file-in-body-tag
[10] http://stackoverflow.com/questions/1642212/whats-the-difference-if-i-put-css-file-inside-head-or-body