命令行使用(調用) R 或 Bioconductor 腳本


windows下命令行調用R腳本
 
1、將R.exe所在路徑加到環境變量path下,路徑一般為C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin

2、在windows 命令行中敲入 調用命令:r CMD BATCH D:\RWORKSPACE\CMD_TEST.R  (注意 CMD BATCH 都要大寫)

命令的普遍形式為R CMD command file,command是別的工具,比如前面用到的批處理工具BATCH

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在Linux命令行中調用R函數

直接從 Linux命令行調用R函數而不進入R環境?
解決方法
一個簡單的內置是以下BASH命令:

    export NUM=10
    R -q -e "rnorm($NUM)"

 
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①Linux下直接執行R命令
 R -e "with(mtcars, {summary(mpg, disp, wt)})"
 即通過“ R -e 'R command' ”的形式。
 
②Linux下執行R腳本
 R --no-save < terminalR.R
 
③Linux下靜默執行R腳本
R --no-save -q < terminalR.R
R --no-save --slave < terminalR.R

④Windows DOS環境

腳本的執行需要借助R安裝自帶的“Rscript”程序。

# R命令
    cd C:\Program Files\R\R-3.4.0\bin
    Rscript -e "with(mtcars, {summary(mpg, disp, wt)})"
# R腳本
    "C:\Program Files\R\R-3.4.0\bin\R.exe" --no-save --slave < D:\R\terminalR.R

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linux命令行下使用R語言繪圖

https://www.cnblogs.com/solohac/p/4154148.html
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REF

https://blog.csdn.net/sweeper_freedoman/article/details/71438348
https://blog.csdn.net/diyiziran/article/details/21379181


 


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