原文地址:
Fieldtrip 和 spm 文件讀取
作者:
yyigeren
FIELDTRIP官方網
http://fieldtrip.fcdonders.nl/start
SPM 官方網 http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/
做腦影像的人應該都知道Fieldtrip 和 SPM這兩個Matlab toolbox。用他們分析數據,事半功倍,如有神助。
目前我主要關注EEG信號的處理。在SPM上下載了EEG的example 數據,把流程走了一遍,感覺這兩個工具箱各有所長:SPM的圖形化界面非常,Fieldtrip的函數開放性強。
目前用到Fieldtrip集成的ICA,感覺非常好用。有時候需要用fieldtrip,有時候需要用spm,下面就把數據讀取、格式相互轉換的函數總結一下。
一、關於數據讀取
1、Fieldtrip可以直接讀Biosemi儀器采集的數據,還包含其他很多種格式的數據(見 http://fieldtrip.fcdonders.nl/dataformat)
讀取程序如下:data = ft_read_data(filename); % 讀取的是eeg數據。還可以加參數控制,讀取head之類
或者整個讀取,得到1*1的struct
filename_raweeg = 'subject1.bdf';
cfg = [];
cfg.dataset = filename_raweeg;
cfg.bpfilter = [0.5 40]; % Band pass filter
cfg.detrend = 'yes'; % Detrend
[data] = ft_preprocessing (cfg);
2、SPM數據讀取
1)SPM讀取Biosemi采集的數據,需要先convert
SPM的圖形界面太傻瓜了,直接在matlab中輸入spm eeg,手動convert *.bdf數據,就保存成*.mat數據了。
SPM有個很好的地方:圖形化界面的操作可以save as script,變為matlab code。 不過程序沒有直接用fieldtrip函數寫的來的整潔。
2)SPM讀取mat數據
D = spm_eeg_load('spm8_subject1.mat');
二、關於數據轉換
data = spm2fieldtrip(D);
D = spm_eeg_ft2spm(data, 'filedata.mat'); % data為fieldtrip數據,filedata.mat為存放data的matlab文件。
SPM 官方網 http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/
做腦影像的人應該都知道Fieldtrip 和 SPM這兩個Matlab toolbox。用他們分析數據,事半功倍,如有神助。
目前我主要關注EEG信號的處理。在SPM上下載了EEG的example 數據,把流程走了一遍,感覺這兩個工具箱各有所長:SPM的圖形化界面非常,Fieldtrip的函數開放性強。
目前用到Fieldtrip集成的ICA,感覺非常好用。有時候需要用fieldtrip,有時候需要用spm,下面就把數據讀取、格式相互轉換的函數總結一下。
一、關於數據讀取
1、Fieldtrip可以直接讀Biosemi儀器采集的數據,還包含其他很多種格式的數據(見 http://fieldtrip.fcdonders.nl/dataformat)
讀取程序如下:data = ft_read_data(filename); % 讀取的是eeg數據。還可以加參數控制,讀取head之類
或者整個讀取,得到1*1的struct
filename_raweeg = 'subject1.bdf';
cfg = [];
cfg.dataset = filename_raweeg;
cfg.bpfilter = [0.5 40]; % Band pass filter
cfg.detrend = 'yes'; % Detrend
[data] = ft_preprocessing (cfg);
2、SPM數據讀取
1)SPM讀取Biosemi采集的數據,需要先convert
SPM的圖形界面太傻瓜了,直接在matlab中輸入spm eeg,手動convert *.bdf數據,就保存成*.mat數據了。
SPM有個很好的地方:圖形化界面的操作可以save as script,變為matlab code。 不過程序沒有直接用fieldtrip函數寫的來的整潔。
2)SPM讀取mat數據
D = spm_eeg_load('spm8_subject1.mat');
二、關於數據轉換
data = spm2fieldtrip(D);
D = spm_eeg_ft2spm(data, 'filedata.mat'); % data為fieldtrip數據,filedata.mat為存放data的matlab文件。