RNA結構預測工具及數據庫

RNA結構預測
一、核酸結構數據庫
1.NDB
http://ndbserver.rutgers.edu/
2.URSDB
http://server3.lpm.org.ru/urs/
3.bpRNA-1m
http://bprna.cgrb.oregonstate.edu/index.html

二、核酸結構預測
序列獲取

二級結構預測
1.mfold
http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold
ViennaRNA
2.RNAalifold
http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAalifold.cgi
3.RNAfold
http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
RNAstructure
4.TurboFold
http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/Servers/TurboFold/TurboFold.html
5.Fold
http://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/Servers/Fold/Fold.html

三級結構預測
1.Vfold3D(短序列）
http://rna.physics.missouri.edu/vfold3D/
2.3dRNA（長）
http://biophy.hust.edu.cn/3dRNA
3.RNAComposer（長） 《Jmol/Pymol兩個小工具可以打開工具的結果文件（pdb)-這個文件要保存好，最后可以與真實結構比對》
http://rnacomposer.ibch.poznan.pl/
4.MC-SYM（長）
https://major.iric.ca/MC-Sym/
5.SimRNA（比較慢）
https://genesilico.pl/SimRNAweb/

 

步驟：

1.查找RNA序列（>20nt，標明ID）
2.使用兩種工具預測二級結構
3.與數據庫中的真實二級結構進行比較（統計相同莖結構的比例）
4.使用兩種工具預測三級結構

5.與數據庫中真實三級結構比較