Materials_Studio多節點並行計算

Materials Studio是ACCELRYS公司在化學和材料領域設計的專業仿真軟件，模擬的內容主要是催化劑、聚合物、固體及表面、晶體與衍射、化學反應等材料等領域；
同樣適用Materials Studio7.0；

  

一、基礎環境

1、主機名和IP
控制節點：192.168.1.11 m1
計算節點：192.168.1.12 c1
計算節點：192.168.1.13 c2
控制節點需要配置免SSH登陸到其他節點

2、主機配置
系統: Centos7.6 x86_64
CPU： 4C
內存：4G
軟件：Materials Studio 8.0

二、配置Materials Studio

1、安裝依賴

# yum install -y glibc.i686 compat-libstdc++-33 redhat-lsb libstdc++.i686

 

2、安裝MS8

# tar zxvf MaterialsStudio80.tgz
# cd MaterialsStudio80/
# ./install --installroot=/software/msi
備注：全部下一步；
其中software目錄是NFS，其他節點都是NFS掛載到software目錄；

 

3、安裝MS許可
修改msi.lic文件中的this_host為主機名

# /software/msi/LicensePack/linux/bin/lp_install msi.lic

 

4、管理環境變量（所有節點都需要）

# echo "/software/msi/LicensePack/etc/lp_profile" >> ~/.bashrc
# source /software/msi/LicensePack/etc/lp_profile

 

5、修改各節點機器名和CPU數

# vim /software/msi/MaterialsStudio8.0/share/data/machines.LINUX
m1:4
c1:4
c2:4

 

6、配置系統可用的CPU總數

# /software/msi/MaterialsStudio8.0/etc/Gateway/config/configure edit cpucorestotal=12

 

7、DMol3測試

# /software/msi/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 12 inputfile
inputfile是你的輸入文件，根據自己的文件名修改，不需要擴展名

 

8、Slurm作業腳本

#!/bin/bash
#SBATCH --output=job.%j.out
#SBATCH --error=job.%j.err
#SBATCH --nodes=3
#SBATCH --ntasks-per-node=4
RunMS="/software/msi/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh"
inputfile=TiO2
$RunMS -np $SLURM_NTASKS $inputfile