主要區別是包括三方面：初始計量，對價差異的處理，以及商譽三方面。
1、初始計量的區別
同一控制下企業合並方應以合並日應享有被合並方賬面所有者權益的份額作為初始投資成本。
非同一控制下企業合並應以購買方付出的資產、發生或承擔的負債、發行的權益性證券的公允價值之和為初始投資成本。
2、對價差異的處理
同一控制下企業合並在確認了合並中取得的被合並方的資產和負債后，以發行權益性證券方式進行的該類合並所確認的凈資產入賬價值與發行股份面值總額的差額，應計入資本公積(資本溢價或股本溢價)。資本公積(資本溢價或股本溢價)余額不足沖減的，相應沖減盈余公積和未分配利潤；
以支付現金、非現金資產方式進行的該類合並所確認的凈資產入賬價值與支付的現金、非現金資產賬面價值的差額，相應調整資本公積(資本溢價或股本溢價)，資本公積(資本溢價或股本溢價)余額不足沖減的，應沖減盈余公積和未分配利潤。
非同一控制下企業合並取得的資產、負債按公允價值計量;作為合並對價的非貨幣性資產在購買日公允價值與賬面價值的差額計入當期損益。
3、商譽
同一控制下企業合並，不會產生商譽。
非同一控制下企業合並可能會產生商譽，合並成本大於可辨認凈資產公允價值的差額確認為商譽，合並成本小於可辨認凈資產公允價值的差額作為合並當期損益計入利潤表。