1、什么是 spike-in control
spike-in control 是指利用人為設計好的可以直接添加到待檢樣品中和這些樣品一起參考文庫構建、測序等工作的參照物序列進行標准化。這些參照物序列往往都是非人類的序列，或者是人造的序列，其中都含有一個特殊的分子標簽（molecular barcode），借此可以分辨出哪些是參照物序列，哪些是待檢品序列。
An RNA spike-in is an RNA transcript used to calibrate measurements in a DNA microarray experiment. Each spike-in is designed to hybridize with a specific control probe on the target array. Manufacturers of commercially available microarrays typically offer companion RNA spike-ins "kits".[1][2][3][4]
Known amounts of RNA spike-ins are mixed with the experiment sample during preparation. Subsequently the measured degree of hybridization between the spike-ins and the control probes is used to normalize the hybridization measurements of the sample RNA. (from wikipedia)
2、RNA spike-in
RNA spike-in 最開始是由 ERCC（External RNA Control Consortium）RNA外部質控組織開發的，有點類似於色譜中添加的標准品，以便定量分析，標化不同樣品之間的 RNA counts —— 通過與已知濃度的對照進行比對，借助 RNA 測序的方法對基因表達進行定量分析。
這在單細胞 RNA 測序實驗中尤為重要，因為單細胞實驗中要求對數千個細胞 mRNA 數據進行比對，而每個細胞的 mRNA 的組成，以及實驗的誤差給實驗結果帶來的影響都差異極大。
通過加入定量的 RNA spike-in，便可以根據文庫中 spike-in 占總 RNA transcripts 的比例估計出每一個細胞內 mRNA的含量。如果比例過高，則通常說明細胞 RNA 的含量較低，或者實驗出了問題。這些比例高的數據也是在質量控制中需要剔除的。