系統：Centos
安裝sratoolkit：
從NCBI下載sratoolki2.10.7。按照網頁要求提示即可。
網址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc
我認為這個工具是免安裝的，下載到本地，配置一下即可（配置不可少，我下面的折騰就是沒有配置、配置錯誤導致的）。
我的做法：
下載到本地后，進入bin文件下的fastq-dump命令，報錯：
執行命令：bin/fastq-dump
This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/
我很疑惑，為何會有錯。按照往常的經驗，直接執行bin下面的命令是可以的啊！
不撞南牆不回頭，我繼續試錯：
執行命令：prefetch -v SRR12003611 Maximum file size download limit is 20,971,520KB 2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using 'ascp' 2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using 'ascp' 2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2: Using '/home/yuzh/.aspera/connect/bin/ascp' 2020-06-24T06:21:11 prefetch.2.5.2 err: error unexpected while resolving tree within virtual file system module - failed to resolve accession 'SRR12003611' - Obsolete software. See https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Obsolete-software ( 406 ) 2020-06-24T06:21:12 prefetch.2.5.2 err: name incorrect while evaluating path within network system module - Scheme is 'https' 2020-06-24T06:21:12 prefetch.2.5.2 err: path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR12003611' cannot be found.
哎，從不敢相信竟然會出錯->默默接受->開始尋求解決辦法。
解決：
按照提示，執行 vdb-config --interactive。
按照NCBI此步驟的說明，進行配置。
配置完畢后，仍然有問題。大惑不解！沒招了，不知道該怎么辦了。
上網，一頓亂搜，仍然無果。
我發現：
我之前安裝過sratoolkit.2.5.2，並把它的bin寫入了PATH變量中。
那么，由此看來，我執行的vdb-config --interactive可能是sratoolkit.2.5.2下的命令。即：配置的是sratoolkit.2.5.2。而不是我剛剛下載的sratoolkit.2.10.7？
針對此發現的解決之道：
去sratoolkit.2.10.7的目錄下，執行./bin/vdb-config --interactive。
出來的配置界面果然與上次的配置界面不同。
配置完畢后，再執行./bin/fastq-dump命令，沒有前面的error，執行成功。
更改PATH，此為后話。
總結：
1.任何異常、懷疑都要重視。
比如，我執行fastq-dump時，發現版本號2.5。我心里疑惑了一下下：怎么不是2.10呢？隨即，放棄了該疑惑。
如果，我最開始就思考這個疑惑，可能不會折騰這么久。
2.不要受慣性思維驅使。重視系統/工具給出的任何提示，提示就是解決之道。