1選擇或開發相應模塊：根據實際仿真對象和仿真場景選擇相應的仿真模塊：如果是有線局域網絡（CSMA）還是無線局域網絡（Wi-Fi）；節點是否需要移動（mobility）；使用何種應用程序（application）；是否需要能量（energy）管理；使用何種路由協議（internet、aodv等）；是否需要動畫演示等可視化界面（visualizer、netanim）等。如果要搭建的網絡是比較新的網絡，如延遲容忍網絡（DTN）等，需要開發設計協議，如路由協議、移動模型、能量管理模型等。
2編寫網絡仿真腳本：有了相應的模塊，就可以搭建網絡仿真環境，ns3仿真腳本支持兩種語言：C++和Python，但是兩種語言的API接口是一樣的，部分API可能還沒有提供Python接口。編寫ns3仿真腳本的大體過程如下。
生成節點：ns3中節點相當於一個空的計算機外殼，接下來要給這個計算機安裝網絡所需要的軟硬件，如網卡、應用程序、協議棧等。
安裝網絡設備：不同的網絡類型有不同的網絡設備，從而提供不同的信道、物理層和MAC層，如CSMA、WiFi、WiMAX和point-to-point等。
安裝協議棧：ns3網絡中一般是TCP/IP協議棧，依據網絡選擇具體協議棧，如是UDP還是TCP，選擇何種不同的路由協議（OLSR、AODV和Global等）並為其配置相應的IP地址，ns3即支持IPv4也支持IPv6。
安裝應用層協議：依據選擇的傳輸層協議選擇相應的應用層協議，但有時需要自己編寫應用層產生網絡數據流量的代碼。
其他配置：如節點是否移動，是否需要能量管理等。
啟動仿真：整個網絡場景配置完畢，啟動仿真。
ns3仿真的基本模型如下圖所示，搭建ns3網絡仿真場景和搭建實際網絡類似，首先需要有網絡節點，ns3中使用節點的概念；節點需要有網絡設備，類似於網絡接口卡，ns3中有相應網絡設備的概念；網絡設備通過傳輸媒體連接起來，ns3中使用信道的概念來代表傳輸媒體，設置信道延遲等屬性，並且和實際網絡相似；信道和網絡設備是對應的，CSMA網絡設備是對應的，CSMA網絡設備對應CSMA的信道，WiFi網絡設備對應WiFI的信道。
以上概念使網絡節點實現了物理連接，但要實現通信，還需要軟件支持，也就是協議，應用層產生數據，利用類socket編程（和真實的BSD socket很像）實現數據分組的向下傳遞，數據分組通過協議棧--TCP/IP向下傳遞給網絡設備（可以簡單理解為網卡），該網絡設備包括MAC層、物理層協議，於是數據分組就像在真實網絡中流動一樣，由數據幀轉換成二進制流，最終變成信號通過媒體信道傳輸到目的節點。
目的節點收到數據分組后從下層往上逐層轉交，由媒體信號轉換成二進制流，由二進制轉換成數據幀，再由數據幀轉換成IP數據分組，然后經由傳輸層的端口號轉交給相應的進程（應用程序application），至此在ns3中完成了一次和真實網絡及其相近的完整數據傳輸過程。
3.仿真結果分析
仿真結果一般有兩種：一種是網絡場景，二是網絡數據。網絡場景如節點拓撲結構、移動模型等，一般通過可視化界面（PyViz或NetAnim）可直觀觀測到；網絡數據也可在可視化界面下有簡單的統計，此外，可以通過專門的統計框架（status）或者自行通過ns3提供的追蹤（tracing）系統收集、統計和分析相應的網絡數據，如數據分組的遲延、網絡流量、分組丟失率和節點消息隊列等。
4.依據網絡仿真結果調整網絡配置參數或修改源代碼
有時實際結果與預期結果相差較遠，這時我們要分析原因，是網絡參數有問題，還是協議本身有出入等，然后再重新設計，重新仿真，如此反復，直到達到滿意的結果。
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