測序：
如何計算測序深度，或產出的數據量？
10的9次方=1G
如果測序的read是pair-end的、且每條read長150bp，則，平均測序深度為=（reads數×150bp×2）/（3*10的10次方）。
即：測序得到的鹼基總數/人類基因組的鹼基對數=平均測序深度。
比如，我想得到30x的測序數據，那么需要的數據量是90G的數據。（此處，還不甚了解，我覺得應該是900G的數據啊）
（人類基因組有30億個鹼基對（3*10的10次方））
測序錯誤率：一般選擇的閥值是10的-3次方，即測序錯誤率是0.001。（PCR的錯誤率是10的-6次方）
coverage與depth的概念：coverage指的是測序數據覆蓋的人類基因組的鹼基數。depth指的是平均每個鹼基被測序read覆蓋的次數（即被測到的次數）。
index的含義：index用來區分不同的樣本。單端index共6個鹼基，排列組合，共4的6次方個鹼基，無法區分66個樣本。故，需要采用雙端index。
雙端index，分為i5和i7端。i5端有8個鹼基，i7端有12個鹼基。
測序的cycle：一個cycle讀取一個鹼基。也稱為：base call。若有index序列，則測序儀會多讀幾個cycle。
文庫構建：
加Y型adapter的目的：1）區分read1和read2，即DNA鏈的兩端；2）防止adapter自連。
Y型adapter不是互補的，兩端的序列不一致。
10ng的DNA就可以建庫，測序。
WGS：
全基因組的重復率是20%，用picard統計duplicate的工具（原理：map位置相同，cigar值相同）。
建庫流程：提取全基因組，打斷、末端不平加A，加adapter，PCR擴增，測序。
區別cfDNA的靶向建庫：cfDNA已經是斷裂的片段，所以不需要打斷、末端補平加A的步驟，只要提取游離DNA后，用引物擴增即可。
target sequencing：
只對特定區域的進行測序。對cfDNA測序時，不需要打斷、末端加A的處理。因為cfDNA已經是片段化的了。
測序儀：
一個flowcell可以看做是一個板（看做一個房間）。一個flowcell上有8條lane（像管子一樣），一條lane可產生60G的數據（1條lane測多少數據是固定的）。每條lane上有很多個tile，每個tile都有（x，y）坐標位置，即read長簇的位置。
Xten測序儀只能測單端index，無法測雙端index。
邊合成邊測序。dnTP。參照下面的兩張圖：
