以下是在論壇整理出來的答案：
1.從編譯過來來看，JAVA是將.java文件編譯成.class文件，運行的時候再由java虛擬機將.class文件進一步編譯成對應的機器碼進行指令調用。而c語言會預編譯成預編譯文件，再編譯成匯編語言，二進制文件。直接和機器打交道。運行時中間省略了java的很多步驟。
2.C程序大部分時間會比Java快，但是獲得的效率有限。Java較慢主要是JIT編譯器需要時間編譯Java字節碼，以及gc可能影響效率，不過現在的Java比起以前以及大有改觀了。
3.由於JIT技術的進步，純計算上Java和C差距很小，但是Java和C的代碼不可能完全等效，因為兩者內存管理的機制不同，C可以完全控制內存管理，而Java主要靠JVM的GC功能，這導致Java的運行效率比較穩定，而C的運行效率和代碼質量密切相關。高質量的C會比高質量的Java快，但低質量的C很可能回比低質量的Java更慢。
其實單純比速度並不是特別公平，因為Java天生有多線程（JIT和GC），而且內存使用量一般Java明顯要多。
4.C語言是編譯型的語言，而JAVA語言則是解釋型的語言，因此JAVA語言要被翻譯二進制的語言代碼后，計算機方能辨識並執行。一般來說呢，c語言是比Java要快，不過因為c語言運行的過程是進程型的，而Java語言是線程型的，因此如果客戶的訪問量非常大，那么反而java顯得更合適。
【引申】
C語言是編譯型的語言，Java語言則是半編譯半解釋型的語言。兩者層次不一樣，決定了運行速度不一樣。那既然C語言運行速度更快還要用Java呢？因為Java的面向對象封裝特性有利於提高軟件的開發速度和編程感受。
舉個栗子：
人需要吸收能量才能正常生活，直接喝葡萄糖、氨基酸更容易吸收、節省時間呀，但為什么人們還是喜歡做出各種菜餚慢慢品嘗呢？因為雖然葡萄糖、氨基酸吸收快、轉換效率高，但是不好吃呀，不能滿足人們的審美需求，所以才需要更高級的食物，逐步消化，最后同樣達到為人體提供能量的目的。【此處我並不認為他舉的例子很妥帖，但是想要表達的意思，還是能勉強理解】
總結：
如果注重運行效率，覺得葡萄糖、氨基酸不難吃的話，用C語言寫大程序完全沒問題，C語言同樣可以實現面向對象。如果注重開發速度，不想加班，想吃更好吃的菜餚，就應該選擇例如Java這類強封裝性的語言。
5.C快是毋庸置疑，不過我認為運行時編譯這點性能損失可以忽略的，編譯只有一次，之后的調用就是直接執行CPU指令，而java的編譯優化很強，有些情況編譯出的CPU指令比C還少，不過java的內存占用是真大。
6.從最根本上說，就是同樣的代碼，經過編譯后java程序要比C程序的二進制代碼多，所以cpu必須花更多的時間去運行這些代碼，至於為什么多，就是java的編譯器要做很多其他的操作，這些操作為程序員提供了方便，但也增加了代碼的數量。
7.C和Java的運行效率現在對比起來應該沒有太大差別了吧
另外，Java應用領域和C的大不相同，應用程序運行的瓶頸一般不在自己本身了。
【比如】一個功能模塊，C 程序運行要1毫秒，Java運行要10毫秒，但這個模塊需要與一台遠程主機進行通信，或者要進行大量的數據庫訪問，幾個來回要100毫秒。在這種情況下，怎么提高通信效率，減少通信次數，或者進行數據庫優化才是應該主要關注的。這也是Java應用程序主要關注的問題。
還有，單純的考慮程序運行快慢問題肯定是不夠的。比如兩個功能相同的系統，A系統響應一次用戶的請求要10毫秒，B系統響應一次客戶請求要100毫秒，而現實中，10毫秒和100毫秒對人來說基本上分別不出來；另外，如果A系統初始上線時非常快，但半年到一年之后，響應速度明顯下降，而B系統初始上線響應不如A快，但兩三年之后還是保持相同的響應效率；或者，10來人同時使用時，A平均10毫秒，B平均100毫秒，但同時100人使用時呢？