安裝化學信息包RDKit以及ChemoPy(pychem)，入了很多坑，發現自己對Python的掌握尚有不足，但最終還是成功將RDKit包以及ChemoPy包成功安裝，並能夠使用。記下自己最終實現兩個包的安裝過程，一方面希望記錄下以防忘記，一方面希望對你們有所幫助：
一、RDKit包安裝
1.安裝RDKit包需下載安裝Anaconda（下載網址：https://www.anaconda.com/download/），具體安裝方法上網可查。
2.安裝成功后，在開始菜單可打開Anaconda Prompt命令窗口。
3.輸入命令 conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit即可等待安裝。若安裝失敗，可采用以下兩種方式解決：
1）使用命令conda install -c conda-forge rdkit進行安裝
2）失敗原因存在從官網中下載包慢導致安裝失敗，因此課采用國內清華鏡像網站進行安裝：
1 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/ 2 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 3 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 4 conda config --set show_channel_urls yes 5 注：conda config --add channels 為添加鏡像命令
4.包安裝成功后使用Jupyter測試包是否成功時，會發現有以下警告，則原因是未激活創建的虛擬環境my-rdkit-env，因此需使用conda activate my-rdkit-env進行激活，使用conda deactivate進行取消。
激活成功與取消激活
5.測試代碼
1 from rdkit import Chem 2 from rdkit.Chem import Draw 3 smi = 'CCCc1nn(C)c2C(=O)NC(=Nc12)c3cc(ccc3OCC)S(=O)(=O)N4CCN(C)CC4' 4 m = Chem.MolFromSmiles(smi) 5 Draw.MolToImageFile(m,"mol.png")
6.測試結果
二、ChemoPy(pychem)包安裝
1.ChemoPy包需從該網址http://code.google.com/p/pychem/downloads/list上下載，因為是外網，需使用插件才能夠進行訪問。
2.因ChemoPy包使用python2開發，應用於python3中需要將文件中的語法進行修改，主要包括引用路徑的修改與輸出print的修改。
3.將修改后的包放入Anaconda安裝目錄的pkgs文件夾下
4.使用命令行進入pkgs文件夾中的chemopy包中，使用python setup.py install 命令即可安裝
5.使用代碼進行測試是否成功
測試代碼
1 from pychem.pychem import Chem 2 from pychem import topology 3 mol = Chem.MolFromMolFile("./1.mol") 4 res = topology.CalculateBalaban(mol)
（注：若出現openbabel包未安裝，則使用命令conda install -c openbabel openbabel 即可安裝）
三、總結
對兩個包的安裝，只有遇到問題並想辦法解決問題，最終才能夠實現想要達到的效果。記下這方面的內容，希望未來學習這方面內容的你們不要像我一樣頭疼焦急無法安裝成功，導致后續工作無法進行，希望該文章能給及你們一些幫助。