一個R包—reticulate—在R中調用Python

　　R語言和python語言是生信行業經常使用的兩個計算機語言，R語言具有統計和畫圖方面的優勢，但是R語言在文件讀寫上的速度實在不敢恭維；Python具有較快的文件讀寫功能，但是其統計和畫圖卻不如R語言用着方便。

　　今天介紹一個R包——“reticulate”，可以在R語言中直接調用Python，這樣就可以把Python讀寫的優勢和R語言統計畫圖的優勢結合起來了。

　　首先安裝R包，對於R包的安裝，可以以下兩種方式，一個是R自帶的install.packages()，一個是基於BiocManager包的BiocManager::install()，推薦使用BiocManager::install()，這種方法可以安裝的包更多一些，較為方便。

BiocManager::install("reticulate")

　　reticulate包實現在R中直接調用Python命令，並且可以直接使用Python命令產生的變量。

　　reticulate包提供repl_python()和exit命令，實現進入Python代碼塊和退出Python代碼塊，在repl_python()和exit之間的代碼為Python代碼，其他代碼為R代碼。

示例：

repl_python() ###進入python代碼快
fileIN = open("E:/a.txt")
a = []
for i in fileIN:
　　a.append(i)
fileIN.close()
exit ###退出代碼塊

　　以上Python代碼讀取了一個叫a.txt的文件，並把每行內容存進列表里（Python里的列表相當於R里的向量）。

　　接下來展示退出Python代碼塊后如何使用在Python里的變量。

aArr <- py$a
for(i in aArr){
print(i)
}

  　　使用py$a就把Python代碼塊里的變量賦值給了R里的變量。

　　如果想要反向使用，即想在Python代碼塊里使用R的變量，怎么用呢？以下是示例：

a <- py$a
print(length(a))

repl_python()
b = r.a ###使用r.a就把R里的變量a賦值給了Python代碼塊里的變量b
print(len(b))
exit

 　　這樣，利用reticulate包我們就可以把Python和R結合起來使用了。