惠普DL580 G7服務器系統安裝與環境部署

下載centos7 鏡像並制作U盤啟動盤

從清華鏡像源進行下載

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/centos/7.7.1908/isos/x86_64/CentOS-7-x86_64-DVD-1908.iso

設置U盤為第一啟動項

開機F9可以進入BIOS設置
{{uploading-image-412605.png(uploading...)}}

系統環境搭建

系統版本如下：
CentOS Linux release 7.7.1908 (Core)

安裝完成后不能進入centos界面系統，使用如下命令進入命令行操作
ctrl alt F2 進入命令行，輸入用戶名和密碼

• 打開網絡，並設置自動連接

cd /etc/sysconfig/network-scripts
ifup ifcfg-enp4s0f2

• 安裝R 3.6.1

yum install R

R包的安裝

need_packages=c("reshape2","RColorBrewer","ggplot2","plyr","grid","Mfuzz","WGCNA","pheatmap")
install.packages(need_packages)

BGI need R package
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.10")
BiocManager::install("AnnotationDbi","EBSeq","NOISeq","DEGseq","clusterProfiler")
BiocManager::install("topGO")
BiocManager::install("Rgraphviz")
BiocManager::install(c("impute","preprocessCore")) #WGCNA

• DESeq2安裝報錯

jpeglib.h: No such file or directory

安裝如下系統依賴

yum install -y libjpeg-devel

• perl 模塊的安裝

手動安裝GD模塊,安裝完成后會報錯

wget http://www.cpan.org/authors/id/L/LD/LDS/GD-1.16.tar.gz
cd GD-1.16
perl Makefile.PL
make
make install

• 安裝gd依賴，發現可能還是存在一些問題，考慮使用cpan進行安裝

yum install -y perl-GD
yum install -y gd-devel

• 最后使用cpan安裝

cpan install YAML
cpan install Module:Build
cpan install Excel::Writer::XLSX

• 安裝module

參考module安裝日志

• conda 安裝並設置鏡像源

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
  - r
show_channel_urls: true

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

/home/yueyao/bio/tools/miniconda/4.5.1/bin/conda create -p /home/yueyao/bio/tools/snakemake/3.13.3 snakemake

• 安裝texlive

參考texlive安裝日志

• 安裝fastqc

wget fastqc_v0.11.8.zip
unzip fastqc_v0.11.8.zip
mkdir -p /usr/local/Modules/modulefiles/fastqc/0.11.8