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有些人研究了很久的基因,都不一定知道他們研究的基因在小鼠模型上發揮什么作用——陳文燕
今天想介紹一個數據庫MGI,全稱Mouse Genome Informatics。
網站地址:http://www.informatics.jax.org/
下面仔細講一下MGI可以獲得什么信息
1 基因在ENSEMBL, Havana/Vega, MGI,NCBI的可視化比較
下圖是某個基因區域在幾大數據庫的可視化結果。可以很直接的比較小鼠和人類基因組的區別。
感興趣的直達鏈接:http://www.informatics.jax.org/genes.shtml
2 某個基因或者突變在小鼠身上發生的變異
這個數據庫很全,幾乎所有的基因都能搜到。
動手搜一搜就能找到你研究的基因在小鼠敲除模型中會發生什么變化。
以Sox2為例,在小鼠突變模型中與“行為,聽力/前庭/耳朵,皮膚,死亡率/衰老,神經系統,色素沉着”有關。
感興趣的直達:http://www.informatics.jax.org/phenotypes.shtml
3 人類-小鼠相關的疾病
這個是結合了人類和小鼠疾病的信息,作為一個識別人類疾病候選基因,並以此作為小鼠模型的有力工具。
網站直達:http://www.informatics.jax.org/humanDisease.shtml
4 基因表達數據庫
小鼠基因表達數據庫整合了多個數據庫的信息。亮點是展示了內源基因在小鼠發育過程中的表達變化。
網站直達:http://www.informatics.jax.org/expression.shtml
5 其他
除了上面的信息,還能查找以下信息。
Recombinase (cre) Activity:http://www.informatics.jax.org/home/recombinase
使用Gene Ontology (GO) 進行功能注釋:http://www.informatics.jax.org/function.shtml
Strains and SNPs:http://www.informatics.jax.org/home/strain