使用圖數據庫 Nebula Graph 數據導入快速體驗知識圖譜 OwnThink


前言

本文由 Nebula Graph 實習生@王傑貢獻。

最近 @Yener 開源了史上最大規模的中文知識圖譜——OwnThink(鏈接:https://github.com/ownthink/KnowledgeGraphData ),數據量為 1.4 億條。

本文介紹如何將這份數據快速導入圖數據庫 Nebula Graph,全過程大約需要 30 分鍾。

中文知識圖譜 OwnThink 簡介

思知(OwnThink)

知識圖譜是由 Google 在 2012 年提出來的一個概念。主要是用來描述真實世界中存在的各種實體和概念,以及他們之間的關系。在搜索引擎、問答機器人、知識抽取等多個領域有着諸多應用。

最近 Yener 開源了史上最大規模的中文知識圖譜—— OwnThink(鏈接:https://github.com/ownthink/KnowledgeGraphData),數據量為 1.4 億條。數據以 (實體, 屬性, 值) 和 (實體, 關系, 實體) 混合的三元組形式存儲,數據格式為 csv。

可以點擊這里下載:https://nebula-graph.oss-accelerate.aliyuncs.com/ownthink/kg_v2.tar.gz

查看原始文件

由於 ownthink_v2.csv 數據過多,摘錄部分數據為例:

紅色食品,描述,紅色食品是指食品為紅色、橙紅色或棕紅色的食品。
紅色食品,是否含防腐劑,否
紅色食品,主要食用功效,預防感冒,緩解疲勞
紅色食品,用途,增強表皮細胞再生和防止皮膚衰老
大龍湫,描述,雁盪山景區分散,東起羊角洞,西至鋸板嶺;南起筋竹溪,北至六坪山。
大龍湫,中文名稱,大龍湫
大龍湫,外文名稱,big dragon autrum
大龍湫,門票價格,50元
大龍湫,著名景點,芙蓉峰
姚明[中國籃球協會主席、中職聯公司董事長],妻子,葉莉

這里的 (紅色食品,是否含防腐劑,否) 就是典型的 (實體, 屬性, 值) 形式的三元組數據; 而 (姚明[中國籃球協會主席、中職聯公司董事長],妻子,葉莉) 是典型的 (實體, 關系, 實體) 形式的三元組數據。

Step 1. 數據建模與清洗准備

建模

Nebula Graph 是一個開源的分布式圖數據庫(鏈接:https://github.com/vesoft-inc/nebula),相比 Neo4j 來說,它的主要特點是完全的分布式,因此圖數據庫 Nebula Graph 適合處理數據量超過單機的場景

GitHub 主頁

圖數據庫通常支持的數據模型為有向屬性圖(directed property graph)。圖中的每個頂點(vertex)可以用標簽(tag)來表示類型(Neo4j 叫做 Label),頂點和頂點之間的關系用邊(edge)連接起來。每種 tag 和 edge 還可以帶有屬性。——然而,這些功能對於知識圖譜的三元組數據沒什么意義:

image

分析上圖的三元組數據,發現無論是 (實體, 屬性, 值) 形式的三元組數據,還是 (實體, 關系, 實體) 形式的三元組數據,每條三元組數據均可以建模成兩個點一條邊的形式。前者三元組中的“實體”和“”建模為兩個點(起點、終點),“屬性”建模為一條邊,后者三元組中的兩個“實體”也建模為兩個點(起點、終點),“關系”建模為一條邊.

而且,所有的點都是相同類型(取名叫entity ),只需要一個屬性(叫 name ),所有的邊也都是同一類型(取名叫 relation ),邊上也只有一個屬性(叫 name )。

image

比如 (大龍湫,著名景點,芙蓉峰) 可以表示成下圖這個樣子:

image

數據清洗和預處理

按照前一節的分析,原始的每條三元組數據,還需要清洗轉換為兩個點和一條邊才能變成屬性圖的模型。

下載清洗工具

本文測試的時候,使用的操作系統是 CentOS 7.5,工具由 Golang 語言編寫而成。

你可以在這里 (鏈接:https://github.com/jievince/rdf-converter) 下載這個簡單的清洗工具源代碼並編譯使用。

該工具會把轉換后的頂點的數據寫入到 vertex.csv 文件、邊數據寫入到 edge.csv 文件。

說明:在測試過程中,發現有大量的重復點數據,所以工具里面也做了去重。完全去重后的點的數據大概是 4600 萬條,完全去重后的邊的數據大概是 1 億 4000 萬條。

清洗完的 vertex.csv 文件長這樣:

-2469395383949115281,過度包裝
-5567206714840433083,Over  Package
3836323934884101628,有的商品故意增加包裝層數
1185893106173039861,很多采用實木、金屬制品
3455734391170888430,非科學
9183164258636124946,教育
5258679239570815125,成熟市場
-8062106589304861485,"成熟市場是指低增長率,高占有率的市場。"

說明:每一行是一個頂點,第一列整型 -2469395383949115281 是頂點的 ID(叫做 VID),它是由第二列文字通過 hash 計算出來的,例如 -2469395383949115281 就是由 std::hash("過度包裝") 計算出來的值。

清洗完的 edge.csv 文件:

3413383836870836248,-948987595135324087,含義
3413383836870836248,8037179844375033188,定義
3413383836870836248,-2559124418148243756,標簽
3413383836870836248,8108596883039039864,標簽
2587975790775251569,-4666568475926279810,描述
2587975790775251569,2587975790775251569,中文名稱
2587975790775251569,3771551033890875715,外文名稱
2587975790775251569,2900555761857775043,地理位置
2587975790775251569,-1913521037799946160,占地面積
2587975790775251569,-1374607753051283066,開放時間

說明:第一列是起點的 VID,第二列是終點的 VID,第三列是這條邊的"屬性"或者"描述"。

在本機完全去重的清洗程序運行時間大約是 6 分鍾。

Step 2. Nebula Graph 啟動准備

下載和安裝

登陸 GitHub 后,在這里 (鏈接:https://github.com/vesoft-inc/nebula/actions) 找到 Nebula 的安裝包。

action

找到你所用系統對應的下載鏈接:

package

筆者系統是 CentOS 7.5,下載 CentOS 7.5 最新的壓縮包,解壓后能找到 rpm 安裝包 nebula-5ace754.el7-5.x86_64.rpm,注意 5ace754 是 git commit 號,使用時可能會有所不同。下載好后解壓,輸入下面命令進行安裝,記得替換成新的 git commit:

$ rpm -ivh nebula-5ace754.el7-5.x86_64.rpm

啟動 Nebula Graph 服務

命令行 CLI 輸入下面命令啟動服務

$ /usr/local/nebula/scripts/nebula.service start all

命令執行結果如下:

image

可以執行以下命令檢查服務是否成功啟動

$ /usr/local/nebula/scripts/nebula.service status all

命令執行結果如下:

image

連接 Nebula Graph 服務

輸入下面命令連接 Nebula Graph:

$ /usr/local/nebula/bin/nebula -u user -p password

命令執行結果如下:

image

准備 schema 等元數據

Nebula Graph 的使用風格有點接近 MySQL,需要先准備各種元信息。

新建圖空間 space

create space 的概念接近 MySQL 里面 create database。在 nebula console 里面輸入下面這個命令。

nebula> CREATE SPACE test;

進入 test space

nebula> USE test;

創建點類型(entity)

nebula> CREATE TAG entity(name string);

創建邊類型 (relation)

nebula> CREATE EDGE relation(name string);

最后簡單確認下元數據是不是正確。

查看 entity 標簽的屬性

nebula> DESCRIBE TAG entity;

結果如下:

image

查看 relation 邊類型的屬性

nebula> DESCRIBE EDGE relation;

結果如下:

image

Step 3. 使用 nebula-importer 導入數據

登陸 GitHub 進入 https://github.com/vesoft-inc/nebula-importer ,nebula-importer 這個工具也是 Golang 語言寫的,在這里下載並編譯源代碼。

importer

另外,准備一個 YAML 配置文件,告訴這個 importer 工具去哪里找 csv 文件。(可直接復制下面這段)

version: v1rc1
description: example
clientSettings:
  concurrency: 10 # number of graph clients
  channelBufferSize: 128
  space: test
  connection:
    user: user
    password: password
    address: 127.0.0.1:3699
logPath: ./err/test.log
files:
  - path: ./vertex.csv
    failDataPath: ./err/vertex.csv
    batchSize: 100
    type: csv
    csv:
      withHeader: false
      withLabel: false
    schema:
      type: vertex
      vertex:
        tags:
          - name: entity
            props:
              - name: name
                type: string
  - path: ./edge.csv
    failDataPath: ./err/edge.csv
    batchSize: 100
    type: csv
    csv:
      withHeader: false
      withLabel: false
    schema:
      type: edge
      edge:
        name: relation
        withRanking: false
        props:
          - name: name
            type: string

說明:測試時候發現 csv 數據文件中有大量轉義字符 (\) 和換行字符 (\r),nebula-importer 也做了處理。

最后:開始導入數據 👏👏

go run importer.go --config ./config.yaml

執行過程如下:

image

可以看到, 本次導入 QPS 大約在 40 w/s。全部導入總耗時大約 15 min。

Step 4. 隨便讀點什么試試

導入完畢后,我們可以使用 Nebula Graph 服務做一些簡單的查詢。回到 Nebula Graph 的命令行 CLI :

$ /usr/local/nebula/bin/nebula -u user -p password

進入剛才導入的三元組數據的 test 空間:

nebula> USE test;

現在,我們可以做一些簡單查詢

  • 例 1:與姚明有直接關聯的邊的類型和點的屬性
(user@127.0.0.1) [test]> GO FROM hash("姚明[中國籃球協會主席、中職聯公司董事長]") OVER relation  YIELD relation.name AS Name, $$.entity.name AS Value;

執行結果如下:

result

可以看到:本次查詢返回 51 條數據,耗時 3 ms 左右;

  • 例2:查詢姚明和其妻子葉莉在三跳之內的所有路徑
(user@127.0.0.1) [test]> FIND ALL PATH FROM hash("姚明[中國籃球協會主席、中職聯公司董事長]")  TO hash("葉莉") OVER relation UPTO 3 STEPS; 

執行結果如下:

image

當數據量較大時,查找全路徑/最短經之類的操作會比較耗時。可以看到:本次查詢返回 8 條數據,說明姚明和其妻子葉莉在三跳之內共有 8 條直接或間接的關系。

總結

本篇文章涉及到的一些概念和鏈接:

后面的工作

  • 調整 Nebula 的參數。似乎默認的日志級別和內存都不是很好,可以用下面這個命令關閉日志,這樣導入性能可以好很多。
curl "http://127.0.0.1:12000/set_flags?flag=minloglevel&value=4"
  • 寫個對應的 Python 版本示例

附錄

Nebula Graph GitHub 地址:https://github.com/vesoft-inc/nebula  ,加入 Nebula Graph 交流群,請聯系 Nebula Graph 官方小助手微信號:NebulaGraphbot

Nebula Graph:一個開源的分布式圖數據庫。

GitHub:https://github.com/vesoft-inc/nebula

知乎:https://www.zhihu.com/org/nebulagraph/posts

微博:https://weibo.com/nebulagraph


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