python處理nii格式文件


網上已經有很多代碼了,但是注釋的都不全,看起來很費解,我自己加了一些注釋,重新發出來,盡可能的通俗易懂

讀取前需要先安裝庫

pip install nibabel
pip install matplotlib
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
from nibabel import nifti1
import nibabel as nib
from matplotlib import pylab as plt
import matplotlib

# matplotlib.use('TkAgg')

# 文件名,nii或nii.gz
example_filename = 'xxxx'


img = nib.load(example_filename)

# 打印文件信息
print(img)
print(img.dataobj.shape)

#shape不一定只有三個參數,打印出來看一下
width, height, queue = img.dataobj.shape

# 顯示3D圖像
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()

# 計算看需要多少個位置來放切片圖
x = int((queue/10) ** 0.5) + 1
num = 1
# 按照10的步長,切片,顯示2D圖像
for i in range(0, queue, 10): 
    img_arr = img.dataobj[:, :, i]
    plt.subplot(x, x, num)
    plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
    num += 1

plt.show()


其他操作,后續再補充


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