使用LaTeX和KnitR自動生成報告

擴展名為.Rnw(Rtex)的文件就是包含了R代碼的LaTeX文檔。編譯的時候，先用Rscript調用Knitr處理，生成.TeX文檔，然后用pdfLaTeX/XeLaTeX編譯成PDF。
最方便的編譯.Rnw文檔的工具是使用RStudio！(TeXStudio/SublimeText/VSC都比較慢)，TeXStudio(2.12.16)最適合編寫.Rnw文檔
謝益輝為LyX制作了可用Knitr的模板，使用也十分方便。

Knitr主頁：https://yihui.name/knitr/
Knitr示例：https://yihui.name/knitr/demos/
編輯器配置：https://yihui.name/knitr/demo/editors/

下面結合一些工具說明Knitr的使用方法。在TeXStudio/ST/VSC中編輯，在RStudio編譯！

使用RStudio

1. 安裝某個LaTeX發行版，如TeXLive(https://tug.org/texlive/acquire.html)
2. 安裝R(https://r-project.org)，並安裝KnitR包

   install.packages('knitr')
   

3. 安裝RStudio Desktop(https://rstudio.com/)
4. 啟動RStudio，點擊“Tools-Global setting: Sweave”:
   • Wave Rnw files using "Knitr"
   • Typeset LaTeX into PDF using "pdfLaTeX"(中文選用"XeLaTeX")
5. 新建Rnw文件：“File-New File-R Sweave”，在文檔區輸入

   <<>>=
   plot(rnorm(100),type='l')
   @
   

   保存文件為test.rnw。擴展名必須為.rnw！
6. 點擊"Compile PDF"，生成PDF文檔。

RStudio的優點：方便的編譯環境；R代碼自動提示；樣式比較漂亮。
不足：沒有LaTeX自動補全、提示。
上面步驟1、2是必須的。

使用 TeXStudio

• "Options-Config-Build:user Commands"添加命令Knitr:Knitr，命令為
  Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')"|xelatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex | txs:///view-pdf
  或
  Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')" | txs:///xelatex | txs:///xelatex | txs:///view-pdf
  如果有參考文獻，用如下命令：
  Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')"|xelatex %.tex |bibtex %|xelatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex | txs:///view-pdf
  或
  Rscript -e "library(knitr); knit('%.Rnw')" | txs:///xelatex | txs:///bibtex | txs:///xelatex | txs:///view-pdf
• 文件擴展名必須為.rnw！
• "Tools - user:Knitr"編譯文件(要定義快捷鍵！)。

TeXStudio(2.12.16)的優點：方便的編譯環擊；LaTeX提示、自動補全；樣式比較漂亮。
不足：沒有R代碼自動提示補全。感覺是最好的.Rnw的編輯/譯器

編譯問題
設置后，編譯總是先調用pdflatex，然后才是rscript？？

如果用knit2pdf替換knit，XeLaTeX編譯時總提示："tlmgr search --file --global "/article.cls"，然后尋找文件或安裝(導致速度慢)。

TeXStudio的配色：https://tex.stackexchange.com/questions/108315/how-can-i-set-a-dark-theme-in-texstudio
TeXStudio的配置文件為\config\teXStudio.ini，配色部分位於[formats]段
使用配色

1. 打開TeXStudio，"Options > Save profile"，保存為user-default.txsprofile
2. 再執行上面操作，保存為custom-dark1.txsprofile
3. 打開custom-dark1.txsprofile，並找到[formats]段(在最后)，會看到

   [formats]
   version=1.0
   

4. 將其他的配色設置復制粘貼到其后，保存。
5. TeXStudio中執行："Options > Load profile"，找到保存的custom-dark1.txsprofile，確定。
6. 關閉並重啟TeXStudio，打開一個文件，就能看到配色生效。
   PS：以前都是將配色設置復制到teXstudio.ini后的[formats]段。

使用Sublime Text 3

• 安裝Knitr插件(以及R-box, senttextplus, latexing/latextools)
• 文件擴展名必須為.Rnw或.Rmd！(是大寫的R)

能識別.Rnw的樣式。
"set syntax:latexing(knitr)" 或 latex后，按LaTeX/R文檔處理，有自動完成、提示。

VS code

LaTeX workshop 8.4.2增加了.rnw格式的支持。或ctrl+shift+p“change language mode”中選R Sweave(也支持R markdown)。
settings.json的對應位置添加如下設置：

"latex-workshop.latex.recipes": [
 {
   "name": "Knitr",
   "tools": [
     "Rscript",
     "xelatex"
   ]
 },
 {
   "name": "Knitr (biblatex)",
   "tools": [
     "Rscript",
     "xelatex",
     "biblatex",
     "xelatex"
   ]
 }
],

"latex-workshop.latex.tools":[
 {
 "name": "Rscript",
 "command": "Rscript",
 "args": [
   "-e",
   "library(knitr); knit('%DOC%')",
 ],
 "env": {}
 }
],

%DOC%=%DOCFILE%，都是全名？vscode傳遞給xelatex的文件是"*.rnw.tex"
此處取文件名的變量${fileBasenameNoExtension}不能被識別！

使用LyX

直接使用模板即可。
以前常用LyX，后來發現還是不用這種可視化的比較好些，現在基本使用VS code編輯LaTeX。

示例文檔

%最小的例子實現Latex-Knitr
%在Rstudio中，新建Rsweave文件並保存為.rnw
%complile PDF
% https://texblog.org/2013/08/20/rknitr-automatic-bibliography-generation-with-biblatex-in-rstudio/
\documentclass{article}
\usepackage{hyperref}
\usepackage[backend=bibtex, sorting=none]{biblatex}
\bibliography{references}
 
\begin{filecontents*}{references.bib}
@Manual{knitr2013,
    title = {knitr: A general-purpose package for dynamic report
      generation in R},
    author = {Yihui Xie},
    year = {2013},
    note = {R package version 1.4.1},
    url = {http://yihui.name/knitr/},
  }
\end{filecontents*}
 
\begin{document}
 
\section*{Automatic biblatex bibliography generation in RStudio using knitr}
 
<<setup, include=FALSE, cache=FALSE, echo=FALSE>>=
opts_chunk$set(fig.path='figures/plots-', fig.align='center', fig.show='hold', eval=TRUE, echo=TRUE)
options(replace.assign=TRUE,width=80)
Sys.setenv(TEXINPUTS=getwd(),
           BIBINPUTS=getwd(),
           BSTINPUTS=getwd())
@
 
<<sample-data-hist-and-box, out.width='0.48\\textwidth'>>=
sampleData <- rnorm(1000, 0,1)
hist(sampleData)
boxplot(sampleData)
@
 
This document was produced in RStudio using the knitr package \cite{knitr2013} by \url{http://texblog.org}.
 
\printbibliography
 
\end{document}