服務器(Linux)上運行python總結


跑實驗換了幾次服務器了,每次遇到相似問題都要重新百度,而且每次百度搜索出的順序都不一樣,又得重新找半天,這次把遇到的問題都總結一下。

1.准備

PuTTY和FileZilla

FileZilla使用FTP傳輸時,實驗室的服務器可能是出於安全考慮,沒有開放21端口;想到ssh可以登錄,就換SFTP來傳輸文件(22端口)。

也可以用scp rz sz等等,但我覺得在windows上使用FileZilla的圖形界面拖拽就很方便。

2.安裝

2.1 Linux軟件安裝

首先了解下Linux下軟件的安裝,參考Linux下軟件安裝的幾種方式

2.2 Anaconda

實驗室服務器之前已經裝了各種版本的python,大家都是各用各的,在自己的目錄下使用anaconda,我也不敢隨便改/etc/profile(也沒權限= =),就也在自己目錄下裝個anaconda吧。。

安裝python我還是第一次用anaconda(之前一直都是pip管理),

參考的 ubuntu16.04下安裝&配置anaconda+tensorflow新手教程,看着理解了下anaconda的安裝過程,

配置環境變量的配置我只改了我這個用戶的,也就是~/.profile,注意把 ~/anaconda/bin放到$PATH前,因為bash中執行python命令時會按PATH中的順序進行搜索。

我的配置:

#umask 022

# if running bash
if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then
    # include .bashrc if it exists
    if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then
        . "$HOME/.bashrc"
    fi
fi

# set PATH so it includes user's private bin if it exists
if [ -d "$HOME/bin" ] ; then
    PATH="$HOME/bin:$PATH"
fi

# ADD_PATH="$(pwd)"
export PATH="$HOME/anaconda3/bin:$PATH"
# export PATH="${ADD_PATH}:${PATH}"
export GUROBI_HOME="$HOME/tars/gurobi811/linux64"
export PATH="${PATH}:${GUROBI_HOME}/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}:${GUROBI_HOME}/lib"
export GRB_LICENCE_FILE="$HOME/gurobi.lic"

安裝完后自己理解了下anaconda對python packages的管理

(base) tandaojun1@node32:~$ python3
Python 3.7.3 (default, Mar 27 2019, 22:11:17)
[GCC 7.3.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> print(sys.path)
['', '/home/tandaojun1/anaconda3/lib/python37.zip', '/home/tandaojun1/anaconda3/lib/python3.7', '/home/tandaojun1/anaconda3/lib/python3.7/lib-dynload', '/home/tandaojun1/anaconda3/lib/python3.7/site-packages']

所以,之后用conda install tensorflow下載的第三方包應該是會裝到/home/tandaojun1/anaconda3/lib/python3.7/site-packages目錄下

bash前面的(base)是conda的虛擬環境,conda activate base進入的是默認虛擬環境,base換成自己的環境,前面就當前環境的環境名。

另外,conda的虛擬環境執行bash確實有點延遲,,

2.3 Gurobi

這個是我的程序需要的一個求解器,第三方包,conda沒有,需要自己安裝

首先求解器的安裝是從官網wget下載tar.gz文件,然后tar -vxfz gurobi811.tar.gz解壓,目前只是得到了求解器

在~/.profile中添加gurobi相關的環境變量(PATH和LD_LIBRARY_PATH),然后grbgetkey獲取licence,再在~/.profile中添加GRB_LICENCE_FILE環境變量

目前求解器可以求解了,但python還沒有安裝packages,進入到~/gurobi811/linux64/路徑下

python setup.py install

可以自己看下setup.py代碼是怎么寫的,以后也會用到。

3.安裝測試

其實上面已經測試了= =,不過可以再記下確認用的是哪個版本(哪個路徑下的sh)的python (也可以用type python)

(base) tandaojun1@node32:~$ which python
/home/tandaojun1/anaconda3/bin/python

要查看系統中有哪些python:

(base) tandaojun1@node32:~$ whereis python
python: /usr/bin/python3.4 /usr/bin/python3.4m-config /usr/bin/python3.4-config /usr/bin/python3.4m /usr/bin/python2.7 /usr/bin/python2.7-config /usr/bin/python /etc/python3.4 /etc/python2.7 /etc/python /usr/lib/python3.4 /usr/lib/python2.7 /usr/bin/X11/python3.4 /usr/bin/X11/python3.4m-config /usr/bin/X11/python3.4-config /usr/bin/X11/python3.4m /usr/bin/X11/python2.7 /usr/bin/X11/python2.7-config /usr/bin/X11/python /usr/local/lib/python3.4 /usr/local/lib/python2.7 /usr/include/python3.4 /usr/include/python3.4m /usr/include/python2.7 /usr/share/python /usr/share/man/man1/python.1.gz

 

4.運行

4.1 命令行python腳本傳參

首先了解下命令行中怎么在執行python文件時傳入參數,可以參考  命令行運行Python腳本時傳入參數的三種方式

4.2 python import model

其次是理解下python的import機制,因為windows下pycharm會幫你把sys.path(上面演示的)等給你預置好了,直接執行就可以,但在命令行中執行會遇到ModuleNotFoundError。

我看的關於Python的import機制原理,主要是知道python從哪import models。

明白了這個,接下來就是怎么讓python找到自己寫的models。

一種方法是在.py文件中使用sys.path.append()來添加,可以參考https://blog.csdn.net/qq_43355223/article/details/87340858https://www.cnblogs.com/bob-jianfeng/p/10274034.html

使用絕對路徑顯然不適用於經常換平台執行,但使用相對路徑得確保要執行的文件與項目根目錄之間的相對關系不變,我這代碼還在測試階段,可能會經常變動= =,所以想在命令行直接將項目根目錄添加到python找models的列表中。

一開始以為是PATH變量,嘗試將項目目錄添加到PATH變量中,發現還是會報錯,之后百度了才知道,,,是PYTHONPATH

可以在~/.profile中添加(記得 source ~/.profile),也可以命令行執行(每次重新開啟終端都要執行)

export PYTHONPATH=~/projects/vnf_flow:$PYTHONPATH

4.3 后台運行

由於我要跑多個實驗,每個實驗都要輸出一些結果,所以需要進程后台運行,

screen就很不錯,可以參考Linux后台運行任務


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