R 保存圖片

R + AI + PS 是我生成文章Figure的一般流程。注意事項最多的應該在R生成原始圖的步驟。

R保存原始圖

保存成pdf圖時，我更傾向於使用ggsave，因為它保存的圖看上去更加協調。

ggsave("figures/forestPlot.pdf",
       forestPlot(mafCompareRes = A.vs.B, pVal = 0.05, 
                  color = c('royalblue', 'maroon'), geneFontSize = 0.6,lineWidth=1.6),
       dpi = 300)

也可以直接通過pdf()函數保存，不過默認背景是透明的，但很多雜志要求背景白色，做法是

pdf("figures/MATH.pdf", bg="white")
p
dev.off()

在將ggplot2生成的圖導入AI時，會提示以下信息：
缺少字體AdobePiStd。受影響的文本將使用a替換字體顯示。
解決方法之一是在保存的時候添加參數useDingbats = FALSE：

ggsave("figures/forestPlot.pdf",
       forestPlot(mafCompareRes = A.vs.B, pVal = 0.05, 
                  color = c('royalblue', 'maroon'), geneFontSize = 0.6,lineWidth=1.6),
       useDingbats = FALSE, dpi = 300)

PS背景調整

如果圖片的背景是透明度的，怎么處理？
打開photoshop，拖入圖片。隨后新建一個圖層，按下快捷鍵Ctrl+Delete，新插入的圖層編程白色。通過調整圖層的順序，就可以將背景變成白色。