在之前的推文中，我已經給出了怎樣利用Git登陸服務器”你在用xshell，putty登陸？推薦一個小工具(Git)登陸“其中包括xshell登陸服務器。今天講講常見的Linux命令，這個和之前將的利用Git中有很大一部分是一樣的。
在命令中用到#井號表示注釋，對該命令進行解釋
#ls表示顯示當前目錄的文件
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ lsgenome script1
#cd表示進入指定目錄
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ cd genome/
smyang@VM-0-2-ubuntu:~/genome$ lsmuxu
#進入到上一級目錄
#cd ..smyang@VM-0-2-ubuntu:~/genome$ cd ..
#誇目錄對指定文件夾的文件進行演示
#ls
#ls genome/muxu/
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ ls genome/muxu/gene_location.txt Mtruncatula_285_Mt4.0v1.cds.fa Mtruncatula_285_Mt4.0v1.protein.fa muxu_ofp_22_id.txt Mtruncatula_285_Mt4.0.fa Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3 muxu.gff3 smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ ls genome/muxu/
#查看指定目錄下文件：
less genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ less genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3
smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ less -SN genome/muxu/Mtruncatula_285_Mt4.0v1.gene.gff3
常用簡單命令
#表示清除該行
ctrl+u
#表示清屏，並不是清除記錄
ctrl+l
#創建一個名為smyang的文件夾
mkdir smyang
#刪除文件夾
rm -r smyang
#創建一個文件smyang.txt並進行保存
vi smyang.txtihello mayishengxinEscshift+;wq
#刪除文件
rm smyang.txt7
#顯示當前文件ls
#進入上級目錄
cd ..
#上上一級
cd ../../
#進入上兩級
#顯示指定目錄下的文件
ls ./genome/10
#顯示文件內容
less filename.txtless -SN filename.txt
在Linux中雙擊文件或者文件名表示復制，之后鼠標右鍵即可粘貼
#合並文件cat file1.txt file2.txt > all.txt#讀取文件cat file.txt#查看文件有多少行wc -l file.txt
所以使用Git也是一樣的，相當於模擬Linux環境，部分命令是可以使用的
#$ df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
C:/Program Files/Git 100G 79G 22G 79% /
D: 133G 104G 30G 79% /d
E: 133G 106G 28G 80% /e
H: 3.7T 2.9T 793G 79% /h
#當然wget也是可以用的，這個是在windows中，同樣可以用wget
請參考：http://www.gzxuexi.xyz/?p=450
$ wget -h
GNU Wget 1.20.3, a non-interactive network retriever.
Usage: wget [OPTION]... [URL]...
Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.
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BLAST比對得到目標序列，主要分為兩步：建庫和比對
建庫
makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -out databasename
#-in 輸入需要建庫的數據
#-dbtype 輸入建庫的類型，如果是核酸就用nucl,如何是蛋白prot
#-out 輸出建庫的名稱
比對
tblastn -query at_tps_pep.fa -out tps.fasta.bls -db transcript.fa -outfmt 6 -evalue 1e-10
#tblastn表示比對是蛋白比對到核酸數據庫中
#-query表示需要比對的數據
#-out表示比對輸出結果
#-db表示上一步建庫的名稱
-outfmt表示輸出的格式
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