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絕大多數的總線或者接口，都是采用分層實現的。PCIe也不例外，它的層次結構如下：
PCIe定義了下三層（彩色部分）：事務層（Transaction Layer），數據鏈路層（Data Link Layer）和物理層（Physical Layer），每層職能是不同的，且下層是為上層服務的。分層設計的一個好處：如果層次分得夠好，接口版本升級時，硬件設計可能只需要改動某一層，其它層次可以保持不動。
PCIe傳輸的數據從上到下，都是以packet的形式傳輸的，每個packet都是有其固定的格式的。
事務層的主要職責是創建（發送）或者解析（接收）TLP (Transaction Layer packet)，流量控制，QoS，事務排序等。
數據鏈路層的主要職責是創建（發送）或者解析（接收）DLLP(Data Link Layer packet)，Ack/Nak協議（鏈路層檢錯和糾錯），流控，電源管理等。
物理層的主要職責是處理所有的Packet數據物理傳輸，發送端數據分發到各個Lane傳輸（stripe），接收端把各個Lane上的數據匯總起來（De-stripe），每個Lane上加擾（Scramble，目的是讓0和1分布均勻，去除信道的電磁干擾EMI）去擾（De-scramble)，以及8/10或者128/130編碼解碼，等等。
今天只講個大概，這三層以后還會專門細講。這里先貼個這三層的細節圖，自己看：
數據從上到下，一層一層打包，上層打包完的數據，作為下層的原始數據，再打包。就像人穿衣服一樣，穿了內衣穿襯衫，穿了襯衫穿外套。
紅色的是TLP的格式，Header和Data是事務層上層給的信息，事務層給它尾巴上加個CRC校驗，就構成了一個TLP；這個TLP下傳到數據鏈路層，又被數據鏈路層頭上加了個包序列號，尾巴再加個CRC校驗，構成一個DLLP；然后DLLP下傳到物理層，頭上加個Start，尾巴加個End符號，把這些數據分派到各個Lane上，然后每個Lane上加擾碼，經8/10或128/130編碼，最后通過物理傳輸介質傳輸給接收方。
接收方物理層是最先接收到這些數據的，然后執行逆操作；在數據鏈路層，校驗序列號和LCRC，如果沒錯，剝掉序列號和LCRC，往事務層走；如果校驗出差，通知對方重傳；在事務層，校驗ECRC，有錯，數據拋棄，沒錯，去掉ECRC，獲得數據。整個過程猶如脫衣睡覺，外套脫了，襯衫脫了，內衣也脫了，光溜溜鑽進被窩。
和PCI數據裸奔不同，PCIe的數據是穿有衣服的。 PCIe數據以packet的形式傳輸，比起PCI冷冰冰的數據，PCIe的數據是鮮活有生命的。
每個Endpoint都需要實現這三層，每個Switch的每個Port也是需要實現這三層的：
上圖中，如果RC要與EP1通信，中間要經歷怎樣的一個過程?
如果把前述的數據發送和接收過程，我們通俗的叫做穿衣脫衣，那么，RC與EP1數據傳輸過程中，則存在好幾次這樣穿衣脫衣過程：RC跟數據穿好衣服，發送給Switch的上游端口，A為了知道該筆數據發送給誰，就需要脫掉該數據的衣服，找到里面的地址信息。衣服脫光后，Switch發現它是往EP1的，又幫它換了身新衣服，發送給端口B。B又不嫌麻煩的脫掉它的衣服，換上新衣服，最后發送給EP1。
Switch的主要功能是轉發數據，為什么還需要實現事務層？Switch必須實現這三層，因為數據的目的地信息是在TLP中的，如果不實現這一層，就無法知道目的地址，也就無法實現數據尋址路由。
今天就到這，關於這三層，以后還會展開講，敬請期待。