BOOKDOWN官網 - bookdown上有不少人發布了自己的電子書
bookdown-demo （一個demo，github源碼）- Rstudio出品，Yihui Xie開發，著名單細胞課程在用，y叔也在用 【強力推薦】
bookdown的優勢
- 完全開源，向收費說不
- 完全自定義，想干啥就干啥
- 有Rstudio背書，可以大膽的長期使用
- 靜態網站，很容易部署到Internet
- 支持LaTeX，可以直接導出tex文檔
- 導出排版好的PDF文檔和kindle文檔
- 使用十分方便，安裝后可以專心使用RMarkdown寫作
- 寫完后直接排序組合，一鍵build成書
R Markdown的優勢（值得系統學習）
- 代碼與文本共存，程序員的最愛
- 輕量級，再大的文件也有着極快的讀取速度
- 文末可以列出參考文獻，科研狗的最愛
目前生信領域有兩個用bookdown寫得比較好的文檔：
Analysis of single cell RNA-seq data - Hemberg / github
Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees - ggtree
快速開始（里面有詳細教程）
- 完全開源，直接fork到自己的github（參考），然后git pull，寫完直接push。
- 不想開源，那就下載bookdown-demo，可以用Dropbox來進行跨平台的編輯。
安裝bookdown的R包
install.packages("bookdown")
用RStudio打開bookdown-demo.Rproj
打開R Markdown文件：index.Rmd，點擊右側的Build，生成初始的網頁html文件，以及其他文件（PDF、epub，tex等）
撰寫文檔的基本邏輯
編寫一個一個的Rmd文檔，注意里面的標題要規范，最終書的標題就是從每一個Rmd文檔中提取出來的。
修改 _bookdown.yml 文件，里面的 rmd_files: ["index.Rmd", "intro.Rmd"] 就是書籍的章節順序，它會完全按順序組合，一級標題就是一個章，二級標題就是章下面的一個小結，如此展開，Rmd的文件數量不限，最終只歸總標題。
_bookdown.yml 文件里的 book_filename 是 PDF 文件的名字，index.Rmd 文件里的title才是真正的書名。
掌握了這些基本就可以開始寫書了。
內容與形式徹底分離了，內容在Rmd里，以后不管bookdown這個包如何更新，都可以迅速完成網站的遷移。
使用細節
使用以下功能能讓你的book更加專業，甚至能讓你直接使用本工具來寫畢業論文。
去掉一些不必要的花哨功能
去掉右側的Facebook等鏈接，得改包。
優化搜索功能，搜索是確實爛，得改進包。
插入數學公式
插入代碼
文內跳轉
隨時跳轉到文檔的任意一處，在標題后面添加 {#label} 來標記一個地方，然后用 \@ref(intro) 來構建跳轉鏈接。
圖像和表格也可以跳轉，只不過在其表頭要添加標記，跳轉格式一樣。
參考文獻
參考文獻稍微復雜些，需要在 book.bib 文件里手動輸入參考文獻。
我看有人用 betterbib，可以生成更為標准的參考文獻。
注意：就算把文獻添加到bib文件了，如果文中沒有引用，那也還是不會出現在文中的。
建議使用 zotero-better-bibtex 插件，瀏覽文獻官網，用插件導入文獻zotero，然后到處LaTeX的參考格式，加到bib文件里即可。
可以接着謝益輝做的事：
搭建一個平台，構建合適的接口，讓每個人都能開發自己的book；
主題，主題要能滿足每個人的需求；
封面，自定義封面；
自定義功能；
優化搜索；
創建一個網站，能夠自動讀取github的Rmd文件，來生成一個html和pdf的書籍。
RMarkdown的基本語法
基本的markdown語法
標題，一級二級三級等
有序無序列表
粗體斜體
專有引用
段落引用
分割線
插入鏈接
插入圖片
插入表格
插入視頻
插入代碼
RMarkdown進階語法
插入數學公式
插入跳轉鏈接
插入參考文獻
參考：