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在回答題主的問題之前，我先要簡單介紹一下什么是JavaEE，什么是Spring。
JavaEE是一組建立在JavaSE之上的標准，解決企業級開發中的一系列問題。請特別留意，它僅僅是個標准，是對一系列接口的約定，眾多廠商圍繞這個標准做實現。如JBoss，WebSphere等。第一個版本的JavaEE 1.2在1999年被發布，到2017年的JavaEE 8，已經經歷了將近20年。
那么JavaEE都有哪些標准，解決了什么問題呢？我這里簡單列舉一下主要的標准：
- Servlet：定義了如何處理Web請求，這個相信大家最熟悉
- Java Server Faces：定義了如何使編寫Web界面
- JAX-RS：定義了如何編寫RESTFul的接口
- EJB：定義了如何編寫“企業Bean”
- JPA：定義了如何編寫ORM和數據存取
- JTA：定義了如何編寫事務相關的代碼
- JMS：定義了如何編寫消息隊列程序
- CDI：定義了如何編寫依賴注入
- JAX：定義了如何編寫XML程序
- JAX-WS: 定義了如何編寫基於XML的網絡服務，即SOAP
- ……
看到這些，你可能機會發現，你平時其實經常使用其中一些標准接口，即便你認為你在用Spring。
什么是Spring呢？Spring最早可以追溯到2002～2004年。在那幾年作者Rod Johnson出版了兩本書：“Expert One-on-One J2EE Design and Development“和“Expert One-on-One J2EE Development without EJB“，和最初幾個版本的Springframework。
早期的Spring定位於解決J2EE在實際使用上的一系列問題，因為JavaEE的API實在是太難用了。Rod估計是趟了不少大坑，於是總結了一套最佳實踐，並總結到了一套框架里。其中最重要的，就是所謂IoC（控制反轉）。
經過多年發展，Spring發布了很多組件：
- spring-core：Spring的Bean的管理，控制反轉和程序上下文
- spring-mvc: web開發中的model-view-controller
- spring-data: 數據層訪問和封裝
- spring-boot: spring全家桶自助配置和部署管理工具
- spring-batch：一個簡單的批處理框架
- spring-cloud：支持與許多雲服務接口的整合
- spring-security：認證和權限管理
- ……
spring中其實大量使用或者實現了JavaEE標准。比如spring-mvc是在servlet基礎之上的封裝。spring本身並不提供容器，而是支持使用任何支持servlet標准的容器（如tomcat，jetty等）。spring-data也實現了JPA，通過標准接口對進行CRUD等。
歸根到底Spring只是想更好的解決實際問題。JavaEE的實現做得好的就用，做得不好的用比較恰當的方式獨立實現或者封裝。俗稱“接地氣”。
見過不少人喜歡用“JavaEE vs Spring”來提問引戰。但是，由上面的介紹可以看到JavaEE和Spring並不對立。作為開發工程師，其實還是哪個能解決問題，生態好，支持好，成本低就用哪個。而且混着用也沒有什么大的問題。
隨着時間的發展，JavaEE已經越來越落后，這是由於它的體制造成的。JavaEE的制定是由幾大巨頭定期開會協商通過，發布。然后個大容器實現廠商跟進。但這樣太慢了。互聯網的發展速度已經遠不是這樣一個僵化的體制能夠適應的。反觀Spring相對就快速的多。Spring自己就是一家公司，覺得整個社區什么東西最前沿，最急缺就立刻響應去做了。比如，Restful剛流行，你是願意等一年半載出JAX-RS標准，然后再出Jersey，才能用；還是選擇直接用Spring MVC直接就把事辦了？結果不言而喻。對解決問題的態度是二者目前境遇不同的主要原因。
最早期JavaEE是領導者，所有的技術廠商要想在這個圈子里混，必須跟着標准走。而Spring逐漸占據領導地位之后，JavaEE的一些標准反而要跟着Spring走。CDI就是一個很好的例子。Spring IoC是整個框架的核心。它解決了在Java中只能import類，卻import不了組件的問題。這個問題在js，python之類的環境中都是小菜一碟。但是Java中，如果沒有IoC，程序員就要花大量的時間寫new和set，組裝整個服務的引用關系（你不覺得這很不人道嗎？）。Spring流行之后，JavaEE在2009年才發布CDI標准。其樣子就是活脫脫的把Spring的Annotation換了個名字而已。
如果說未來的發展，我認為JavaEE早已經沒有了未來。JavaEE里那些做得很好的，或者和其他框架能夠很容易相融的標准繼續存在；那些被罵成翔的，比如JSF；或者一開始就沒有市場的，比如CDI，會成為Wiki上的一段段文字記錄。但，Spring也不一定好過。在Java體系內他也要面臨play，vert.x的沖擊；在體系外，它會受到其他語言環境的巨大壓力，如nodejs，python和go。說Spring靈活是相對於JavaEE而言。
無論標准、框架、服務，都是為了解決問題而存在，而不是如“多么的OO”，“多么的標准”，“多么的概念清晰“。哪個工具解決的好，解決的快，就用哪個。最近2～3年，docker+微服務的發展進一步的強化了這個現實。大量的新技術會隨着業務領域形成自己的生態。
這其實是好事，不是嗎？