R 語言輸入輸出 讀取命令函參數

輸入數據

使用鍵盤輸入數據

只能處理小樣本，很少使用

在創建 data.txt 字符串之后，用函數 read.table() 創建數據框 data.1。這種方法可以讓我們把數據嵌入到R代碼中，此處切記，read.table() 使我們最為常用的讀取外部數據的函數。

下面的方法是用函數 fix() 創建了一個和data.1一樣的數據框 data.2，函數 edit() 也有同樣的效果。

 

從文本文件導入數據 read.table()

函數 read.table() 更加常用的是從帶有分隔符的文本文件中國讀入數據並創建數據框。類似的函數有 read.csv()，read.csv2()

例子

data.3 <- read.table(file="example.txt", header = T, quote = "\"", sep = ",")   # header = T 表示第一行是變量名不做事數據一部分  header = F 表示第一行也作為數據的一部分

data.4 <- read.table(file="example.txt", header = T, skip = 7, sep = ",", quote = "\"", row.names = "Study")

從 xlsx 文件中讀入數據

需要使用R包 openxlsx 或者 readxl

 

輸出數據

輸出函數：cat()   print()  write()    sink()    writeLines()    write.table()

在R里，輸出到屏幕不要用print() 而是用cat()。因為 print() 輸出的字符都是只能顯示在控制台，而控制台只能顯示文本，所以回車符 制表符都會員樣輸出

cat() 函數既能輸出到屏幕也能輸出到文件  需要手動添加換行符

cat(..., file = " ", sep = " ", fill = FALSE, labels = NULL, append = FALSE)

有file時，輸出到file；無file時，輸出到屏幕

append 參數：布爾值。TRUE 輸出內容追加到文件尾部，FALSE 輸出的內容覆蓋文件的原始內容。

print() 函數 原封不動的輸出對象 比對列表

print(x, ...)

## S3 method for class 'factor'
print(x, quote = FALSE, max.levels = NULL, width = getOption("width"), ...)

## S3 method for class 'table'
print(x, digits = getOption("digits"), quote = FALSE, na.print = "", zero.print = "0", right = is.numeric(x) || is.complex(x), justify = "none", ...)

## S3 method for class 'function'
print(x, useSource = TRUE, ...)

 

write()用於輸出到文件，也可以輸出到標准輸出，無需手動添加換行符

write(x, file = "data", ncolumns = if(is.character(x)) 1 else 5, append = FALSE, sep = " ")

當 file = "" 時 輸出到標准輸出

sink() 函數將輸出結果重定向到文件

sink(file = NULL, append =FALSE, type = c("output", "message"), split = FALSE)

append參數：布爾值。TRUE時 輸出內容追加到文件尾部，FALSE時 覆蓋文件的原始內容。

writeLines() 函數將字符串向量輸出到文件中 也可以輸出到標准輸出 會覆蓋原始內容

writeLines(text, con = stdout(), sep = "\n", useBytes = FALSE)

text：字符串向量

con：輸出文件， 默認輸出到標准輸出

write.table()函數將 data.frame 的內容輸出到文件或者標准輸出

write.table(x file = "", append = FALSE, quote = TRUE, sep = " ", eol = "\n", na = "NA", dec = ",", row.names = TRUE, col.names = TRUE, qmethod = c("escape", "double"), fileEncoding = "")

讀取命令行參數

commandArgs() 是R自帶的參數傳遞，屬於位置參數

args = commandArgs(trailingOnly = FALSE)    # R程序自帶參數，從第6個開始才是命令行輸入的參數

args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)     # 此時 輸入的第一個參數就是程序的第一個參數

如果改為 args = commandArgs(trailingOnly = FALSE)  輸出結果如下：

 

getopt 包中的 getopt() 函數也可以接受從終端傳遞的參數，並且功能更加豐富

 getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE), command = get_Rscript_filename(), usage = FALSE, debug = FALSE)

其中 spec 是一個4列或者5列的矩陣，里面包括了參數信息，前四列是必須的，第五列是可選的

第一列：指定參數的 longname ，多個字符

第二列：指定參數的 shortname，一個字符

第三列：指定參數是必須的還是可選的，數字，0 不接受參數  1 必須有參數  2 參數可選

第四列：指定參數的類型  logical  integer  double  complex  character  numeric

第五列：注釋信息 可選

usage：默認為FALSE 這是參數無實際意義，而是以用法的形式輸出。

library(getopt)
spec = matrix(c(
  'verbose', 'v', 2, "integer",
  'help'   , 'h', 0, "logical",
  'count'  , 'c', 1, "integer",
  'mean'   , 'm', 1, "double",
), byrow=TRUE, ncol=4)
opt = getopt(spec)
print(opt$count)
print(opt$mean)

 

如何制作腳本的幫助

command=matrix(c("bam","b",1,"character",
                 "bed","d",1,"character",
                 "png","p",1,"character",
                 "help","h",0,"logical"),byrow=T,ncol=4)
args=getopt(command)
if (!is.null(args$help) || is.null(args$bam) || is.null(args$png) || is.null(args$bed)) {
    cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))
    q()
}