1.力場中的例子電荷是有效電荷（clayff），有別於化學式中的電荷。
2.游離狀態的陽離子（如層間陽離子）的電荷不能變動；而Al-O八面體、Si-O四面體中的離子（Al、Si等）電荷可以微調。
3.minimize是在絕對0度、動能為0的條件下進行結構優化（分子靜力學），只對從數據庫中得來的模型進行minimize，加水后的模型不需要優化。
先對最小超晶胞（如Na-mmt的超小晶胞為4a*b*c）進行minimize，然后再進行下一步建模（如加水分子或者繼續supercell），最后在進行優化並計算。
優化：
nve：保持能量不變；
nvt：提到常溫來優化（298或者300k）；
npt：提到常壓來優化（1個標准大氣壓）。
4.警告可以忽略，錯誤需要修改？
（待確認，如模型總電荷也顯示warning，但minimize時，總勢能會很大（正值1e+16））
如：以下的warning能忽略嗎？因為在minimize和優化的過程當中都會出現這個警告，這個是data文件的問題（之前請教過一個老師）。
5.元胞盒子大小從數據庫中得到的a、b及3個方向的角度不需要修改，根據自己需要來改c（層間距）。
6.能量最小化minimize如何判斷最小化已經成功？
（1）log文件上的minimize的收斂情況；
（2）結構是否穩定（VMD中查看），目前的問題是minimize后原子會跑出盒子外邊去？
7.優化過程中，timestep、run總步數，這個沒有很嚴格的規定，看能量收斂和結構穩定與否來判斷即可。
8.MS——data——lammps中minimize后所得的data——VMD——pdb——MS（主要是坐標信息）——建模（加水或者supercell）。。。
問題1：轉換過程中只有坐標信息，沒有盒子和鍵、角信息，不能夠識別各個原子類型等？？
問題2：pdb導入MS后，由於不能識別，故無法繼續建模？
（1）lammps所得的data
（2）VMD生成的pdb
（3）MS（主要是坐標信息）
9.模型的總電荷一定要為0，影響很大。
10.Al-oh-ho這里的oh-ho指的是體系中的結合水，層間水是自由水。
11.NPT中的P指的是靜水壓力，隨着P增大（深度加大），c層間距減小；
12.timestep：從1.0fs——0.5fs——0.1fs；
13.原子丟失的原因（lost atoms：.......），Temp、Epair等增大
（1）timestep有可能太大了，導致數值失穩，改小一點；
（2）輸入的結構不好
14.計算中Dangerous builds不等於0：
（1）說明粒子在跑的時候“Rcut skin ”的范圍內已經跑出去了，或者外邊的粒子跑進來了，因此，neighbor list要建得頻繁一點才可以；
（2）但是不影響數據收集；
（3）如果是小概率事件沒有關系，比如，neighbor list運行1萬次，而Dangerous只有幾十或更小；
（4）措施：
a、把時間步長timestep調小（推薦做法）；
b、把skin變大（不推薦，會影響計算效率）。