1.Virtual Box
1.1下載Virtual Box
虛擬機選擇使用Virtual Box,百度搜索進入官網下載頁面
本機系統是windows,所以選擇windows版本下載
1.2安裝Virtual Box
按照默認設置進行安裝
這里我修改了自己想要的安裝路徑,按照默認路徑也未嘗不可
默認下一步,個人不太喜歡太多快捷方式,所以剔除了2、3項
網絡功能安裝警告選是
正式安裝
安裝完成
2.Centos7
2.1下載Centos7
百度搜索Centos,進入官網下載頁面
選擇DVD ISO,這一版本資源會更全面,要安裝帶界面的Centos7推薦下載該版本
選擇aliyun的鏡像,64位DVD版Centos7,除了下載速度不同,應該差別都不大
2.2安裝Centos7
2.2.1配置虛擬機
打開Virtual Box,新建虛擬機,名稱自擬,文件夾位置按照默認的即可(取決於Virtual Box的安裝路徑)
內存分配大一點使用起來會流暢很多,習慣2G
虛擬硬盤的分配看自己需要
這里建議空間可以多分配一些,16G或者20G都不為過,如果有打算長期使用的話
創建完成后,進入設置--網絡,默認網絡地址轉換(NAT)
進入存儲,找到下載好的Centos7的iso文件(我這里下載的1708版本比較早,所以和上面的1810不一致,但基本一樣)
完成后啟動虛擬機,開始進行系統安裝
2.2.2 安裝配置系統
啟動完成,選擇第一個進行系統安裝
拉至底部選擇中文
進入安裝位置選擇自動配置分區,點擊完成
進入網絡和主機名,打開網絡連接
要安裝可視化界面,就要進入軟件選擇,選GNOME桌面
然后開始安裝
設置ROOT密碼
密碼太短連按兩次完成一樣可以通過
接下來等待安裝完成即可
重啟,第一次進入系統還需要進行初試設置
點擊第一個完成同意許可
我這里不創建新用戶,直接以管理員root登錄,所以點完成配置即可
然后會進入到用戶配置,選擇漢語
輸入法也按照默認
繼續按照默認前進
時區這里我選擇了香港,因為本身位於珠三角地區
在線賬號跳過
關於您的信息按照自己的填寫即可
這個時候等於是間接給你開了一個新的用戶,而不是管理員用戶root
然后開始進入到Centos系統中
因為前面說到要用管理員身份進入系統,這里就切換一下用戶
點擊注銷,選擇未列出
管理員用戶名為root,密碼為安裝系統時你設置的密碼
登錄,管理員用戶還要進行一次用戶設置,設置完以后就不用了
在管理員用戶下,很多操作都會更加方便,不用另外申請權限
3.Relion
3.1下載Relion
網上關於Relion下載和安裝的文章不多,Centos下的更是少,但其實我們只需要按照Relion官網給的教程來,再解決一些安裝過程中遇上的小問題即可
首先我們在應用程序中打開火狐瀏覽器,百度搜索relion
進入Relion的官網
可以看到有關於下載和安裝的教程
Relion的資源文件在github上,我們可以通過git克隆到本地
現在我們嘗試一下到主文件夾的下載目錄下進行操作
打開終端,輸入git命令,發現系統本身沒有安裝git
git clone https://github.com/3dem/relion.git
我們需要先安裝一下git
3.1.1下載安裝git
操作很簡單,在桌面打開終端,從yum安裝git:
yum –y install git
此時發現yum被鎖,最簡單粗暴的方法,就是強制關掉yum進程
首先Crtl+C結束指令,再輸入:
rm -f /var/run/yum.pid
然后就可以用yum了
3.1.2克隆Relion
git安裝完成后,回到下載目錄的終端,繼續下載Relion
git clone https://github.com/3dem/relion.git
因為是剛剛下載下來的,也沒有更新,所以不需要 git pull
到這里,Relion的資源文件已經下載到了本地的下載目錄中,接下來可以進行安裝(下載過程中可能因為網絡問題無法下載,可以嘗試重新下載)
3.2配置cmake
按照安裝教程,進入到relion的目錄創建一個新的文件夾build,並在build目錄終端運行cmake指令
發現沒有找到cmake,需要安裝
cmake ..
3.2.1下載安裝cmake
同樣是到桌面終端,利用yum下載安裝cmake
yum install cmake
安裝完成后,可以通過查看其版本確定是否安裝好
cmake --version
回到build目錄下的終端,再次運行cmake,發現報錯
還是少安裝了一些東西
3.2.2下載安裝mpi,fftw和fltk
參考孫亞文的文章,在桌面終端安裝mpi,fftw和fltk
sudo yum install openmpi-devel fftw-devel fltk-devel
安裝完成后,再次回到build目錄終端下運行cmake
此時發現仍然有錯誤,但已經減少了很多
其中CUDA的問題涉及到顯卡,但是虛擬機與主機不太一樣,沒有找到很好的解決辦法,然后先跳過,解決下一個問題,也就是MPI_C的
3.2.3安裝openmpi和g++
在前面的時候已經有下載mpi,但是報MPI_C的錯,應該就是沒有配置好的關系或者是mpi有問題,索性重新安裝
在下載目錄終端,下載oepnmpi
wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.0.tar.gz
解壓openmpi
tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
解壓完成后,安裝openmpi
進入openmpi-3.1.0目錄下終端
./configure
make && make install
到桌面的終端,先查看一下openmpi的位置
whereis openmpi
找到位置后去修改配置文件
vim ~/.bash_profile
按I鍵開始插入,移動到最后的位置回車,在下一行即文末添加路徑
export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib
按Esc后輸入:wq保存修改
使用source命令激活修改
source ~/.bash_profile
驗證安裝,進入到openmpi-3.1.0的目錄下,找到examples並進入,終端運行:
make
./hello_c
然后回到桌面終端安裝g++
yum install gcc-c++
3.2.4配置完成
完成前面的工作后,回到build目錄,終端執行
cmake ..
這下終於沒有報錯了,build目錄下也出現了文件makefile,說明cmake配置完成
3.3安裝Relion
cmake配置完成后,在build目錄終端使用make為安裝Relion設置進程數
make -j4
到這里,Relion已經可以安裝了,因為沒有fltk,所以不能使用GUI,在cmake中省略GUI(如果不進行這一步直接安裝將會報錯,因為沒有fltk)
cmake -DGUI=OFF ..
然后安裝
sudo make install
到這里,Relion已經安裝完成了,回到桌面終端可以測試一下
relion
總結
Relion還有各種配置,在官方文檔上可以了解的到。對於有專業需要的使用者來說,虛擬機上安裝Relion可能有些時候會滿足不了,因為Relion有GPU的加速能力,主機上使用可以配置更好的性能,但由於本人不是專業的,所以就止步於此了,希望能幫到各位。文中可能存在一些冗余操作,請大家諒解,有發現的可以在評論區留言,為后面的使用者提供便利,謝謝。
文章參考:
Relion Download & install
RELION-3.0的安裝-孫業平科學網博客
CentOS 7安裝OpenMPI-莫邪莫急的博客