在配置MST之前，工程師要進行一定程度的預先規划。首先，必須決定是否應該使用多區域設計，以及如何設置邊界。多區域的設計使得每個區域都有獨立的MST實例編號、VLAN到實例的映射，以及獨立的實例根。整體的網絡操作對於理解和維護來說會變得更復雜。工程師必須為每個區域指定名稱、配置修訂版本號，以及VLAN到實例的映射表。名稱、修訂版本號和VLAN到實例的映射是MST配置的三個必需元素，並且這些參數在一個區域中的所有交換機上必須一致。名稱和配置修訂版本號會以明文的形式攜帶在MST BPDU中。與傳輸整個VLAN到實例的映射表所不同的是，交換機會根據映射表計算出MD5散列值，並將其通過MST BPDU進行傳輸。交換機會在收到BPDU時，對比區域名、修訂版本號和VLAN到實例映射表的MD5散列值，自己計算出來的散列值與收到的散列值必須相同，兩台交換機才會認為它們屬於相同的區域。工程師可以使用EXEC命令show spanning-tree mst configuration digest來查看散列值。在較老的交換機上，命令中可能會隱藏digest關鍵字，不過如果完整輸入關鍵字，交換機也會接受。
在一台交換機上修改MST區域的配置（名稱、修訂版本號、VLAN到實例的映射），會使交換機創建自己的區域並觸發拓撲變化，進而可能會造成暫時的網絡中斷。因此要想將MST區域升級到新的配置，需要一個維護窗口。因為VLAN到實例映射的更改最常見，建議工程師即使在創建VLAN前，也先進行VLAN到實例的預映射。在把VLAN映射到實例后，創建（或刪除）VLAN將不會對MST造成任何拓撲變化事件。
如果有必要運行MST和PVST+混合的網絡，建議工程師確保MST區域是CIST根交換機所在的區域。可以通過降低IST根交換機（即MST區域中實例0根的優先級）的優先級來實現，把它的優先級降到比所有VLAN所有PVST+交換機的優先級都低。
最后，較老的Cisco交換機中部署了MST的預標准版，在BPDU格式以及一些其他細節方面有些不同。驗證交換機支持標准或預標准MST版本的快速測試方式是使用命令show spanning-tree mst configuration digest。如果輸出中只顯示了一個MD5摘要，說明交換機只支持預標准版本的MST。如果顯示了兩個MD5摘要，說明交換機支持標准MST，並向后兼容預標准MST。如果部署了標准MST的交換機連接到運行預標准MST的交換機，與預標准交換機相連接的端口必須配置命令spanning-tree mst pre-standard；否則，隨后將產生永久的交換環路，或是交換機保持端口阻塞，直到配置了這條命令。
工程師必須通過以下這些步驟完成MST的配置。
步驟1 使用spanning-tree mst configuration命令進入MST配置模式。
步驟2 在MST配置模式中，使用name命令創建一個MST區域名（至多32個字符）。
步驟3 在MST配置模式中，使用revision命令定義一個MST修訂版本號。
步驟4 在MST配置模式中，使用instance命令映射VLAN到MSTSTP實例。
步驟5 在MST配置模式中，使用show current命令在執行變更之前，查看MST配置，使用show pending查看變更，使用exit命令應用變更，或使用abort命令取消變更。兩條命令都會讓工程師退出MST配置模式。
步驟6 使用spanning-tree mode mst命令全局啟用MST。
下面展示配置一台MST區域交換機
首先進入mst區域配置模式，定義區域名為CCIE，配置版本為1，創建四個映射了不同vlan的實例。注意這些vlan並不需要被創建，他們被預映射到mst實例，可以后邊再創建。“show current”展示當前mst配置（這里為空），“show pending”展示修改了但還沒應用的配置
要修改交換機的優先級，用“spanning-tree mst instance priority”命令代替“spanning- tree vlan vlan- id priority”。另外，修改端口的開銷或優先級使用“spanning-tree cost mst”和“spanning-tree port-priority mst”命令代替對應的使用vlan關鍵字的命令
如果域中的交換機支持VTPv3，VTP域中的交換機可以用VTPv3來同步MST域配置。因為vtp域中的所有交換機共享相同的MST域配置，他們都將成為相同的MST域的成員。因此，這里在vtpv3域和mst之間是1:1的相關性。
