2019-07-17更新：
下面說的僅僅針對系統從硬盤啟動，從硬盤啟動的時候，主板會去加載 boot文件夾下的bootx64.efi。但是存在其他情況。
裝完多系統后，在bios界面（使用uefi啟動的機器，准確來說應該不叫bios）的boot設置那里也會添加n多啟動項，如下圖：
上圖中的manjaro、Ubuntu、centos、WindowsBoot是與ATA HDD0、usb等硬件是同級別的，在easy uefi中查看這些選項指向的文件：
很明顯，系統安裝的時候創建了這些條目。在我們選擇默認啟動項是硬盤（上面的ATA HDD0）的時候下面分割線以下的說明才准確，否則如果默認啟動是其他的，例如上面bios圖上就是Manjaro，那么主板會直接去加載Manjaro選項指向的文件：\efi\manjaro\grubx64.efi，而不是去走\boot目錄。
—————————————分割線 以下是原文—————————
EFI目錄
下圖只有Boot和Microsoft，如果你還裝其他系統可能還會有其他的文件夾，比如你還裝了Ubuntu（或者manjaro），那么會有個叫Ubuntu（manjaro）的文件夾與Boot、Microsoft並存。
Boot是計算機默認引導文件所在的目錄，Microsoft是微軟Windows系統引導所在的目錄。
Boot目錄：
Microsoft目錄：
Microsoft\Boot目錄：
上圖中紅框內的bootmgfw.efi就是windows默認的系統引導文件。
幾個引導文件的說明
引用：https://blog.csdn.net/lindexi_gd/article/details/50392343
計算機默認引導 -----------就是不管你的計算機有沒有操作系統，定義了UEFI啟動后將通過Bootx64.efi 引導你的計算機，並進入各種模式，維護、安裝、計算機或者系統這里是 Bootx64.efi ，它只是一個通用名，權限豐富且大於Windows 默認，就是說如果你的Windows 默認的啟動文件不在了，啟動計算機默認的引導文件Bootx64.efi 也是可以啟動計算機的。使用計算機默認文件隨時可以在各種環境下啟動計算機，EFI SHELL、ISO、Windows、Linux...都可以，通吃型.
Windows默認引導 -------就是你為計算機安裝了操作系統，或者修復了UEFI引導后，啟動菜單會有 Windows Boot Manager 選項，該選項默認從bootmgfw.efi 啟動系統bootmgfw.efi 該位置的該文件只能用於啟動Windows，不是通用名，權限單一
詳細解釋看原作者文章，總結來說就是一塊干凈的硬盤，裝上win后，此時的Bootx64.efi 很可能就是bootmgfw.efi ，我沒有經過驗證，但是從表面看起來是這樣的，所有我說很可能是，不敢保證。如果這時候裝Linux與win並存，Bootx64.efi很可能會被修改，然后Bootx64.efi會指向grub，grub再去遍歷一遍整個硬盤上的所有系統引導，做一個列表供你選擇是用Linux（比如Ubuntu）還是用win。如果你選擇是win那就再次轉到bootmgfw.efi 去啟動win，如果你選擇的是Linux（比如Ubuntu）那就轉到系統的引導。
再次聲明：上述結論全是猜測，我沒有實際測試，只是從現象來做出的推論。
驗證猜測
我安裝win之后又安裝了Manjaro，EFI目錄內容如圖
比起之前多了一個Manjaro的文件夾，該文件夾下只有一個grubx64.efi文件
。而且安裝完manjaro之后，EFI\Boot目錄下的bootx64.efi文件大小也發生了變化，且此時我開機進入的是jrub，然后在jrub中選擇要開機的系統。用hash校驗了一下EFI\Boot\bootx64.efi 與 EFI\Manjaro\grubx64.efi文件，結果如圖
很明顯這是同一個文件。再校驗下安裝manjaro之前的EFI\Boot\bootx64.efi文件，明顯是與安裝完manjaro之后不一樣的，如下圖
這樣就驗證了上一小節的猜想，安裝完manjaro之后，修改了系統默認（從硬盤啟動）的引導，指向GRUB來管理系統引導。
為了更有說服力，我又做了下面的測試。
1、開機進入系統boot，修改boot順序，默認（第一個）為硬盤啟動，此時我的EFI\Boot\bootx64.efi文件實際上安裝完manjaro之后的grubx64.efi。開機后進入的是grub。
2、開機進入系統boot，修改boot順序，默認為Window boot management，開機，進入的是Windows。
3、開機進入系統boot，修改boot順序，默認為從manjaro啟動，開機后進入的是grub。
4、設置boot默認從硬盤啟動，刪除EFI\Boot目錄下所有文件，把EFI\Manjaro\grubx64.efi 復制到EFI\Boot 重命名為bootx64.efi，開機進入的是grub
5、設置boot默認從硬盤啟動，刪除EFI\Boot目錄下所有文件，把EFI\Microsoft\Boot\bootmgfw.efi 復制到EFI\Boot 重命名為bootx64.efi，開機進入的是windows
由以上可以得到結論：
1、在BIOS設置界面種設置boot為從硬盤啟動，走的是EFI\Boot\bootx64.efi
2、在BIOS設置界面種設置boot為Window boot management，走的是EFI\Microsoft\Boot\bootmgfw.efi
3、從硬盤啟動，走的是EFI\Boot\bootx64.efi，EFI\Boot\bootx64.efi指向哪個系統就走哪個系統（win或者Linux）。
win10系統功能性更新后丟失Linux引導
猜測：很可能是efi\boot\bootx64.efi 文件被修改成直接引導到efi\microsoft\boot\bootmgfw.efi，導致系統不去加載grub。
猜測修復辦法1：想要修復就可以再系統更新之前備份efi\boot目錄，系統更新完后替換到該目錄。（下面一句話適用於manjaro）但是我們一般很少有備份系統的習慣，這時候可以就去把EFI\Manjaro\grubx64.efi文件復制並重命名成EFI\Boot\bootx64.efi。
猜測修復辦法2：如果你是Ubuntu，找到boot目錄下的grubx64.efi（或者shimx64.efi）復制到efi\boot目錄下，並重命名為bootx64.efi。如果你是Manjaro系統就去鏡像中復制BOOTX64.efi文件丟到efi\boot中。
上述猜測應該是錯誤的，我對比了下manjaro鏡像中的BOOTX64.efi與實際安裝完efi目錄下的bootx64.efi文件，這兩個文件並不一樣，再次猜測，鏡像中的可能是引導U盤的。目前來看修復方法1是比較靠譜的。
猜測修復辦法3：使用easyUEFI添加Liunx引導，然后調整新添加的為默認項（如下圖，排在最頂上）。
那么Ubuntu系統下grubx64.efi和shimx64.efi有什么區別呢？
僅僅針對Ubuntu，在安全啟動（serureboot）關閉的情況下，你可以使用grubx64.efi。如果安全啟動打開則需要選擇shimx64.efi。
一些很好的貼子
https://zhuanlan.zhihu.com/p/31365115
https://linux.cn/article-4667-1.html
https://wiki.deepin.org/wiki/Windows和deepin雙啟動簡單實用的方法
https://linux.cn/article-8481-1.html