一、建模流程（modelling procedure）：
1.美國數據庫下載amc、cif文件：http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
2.導入vesta轉成pdb1文件
3.再將pdb1文件放到vmd轉成pdb2文件
（1）測模型中心點的坐標，
命令： set sel [atomselect top all]
measure center $sel
中心點：1.5594003200531006 4.472419738769531 6.06.083080291748047
（2）測量周期最大最小邊界
set everyone [atomselect top all]
measure minmax $everyone
（3）get the scale of our box（盒子尺寸）：
measure minmax $sel
X：-2.062 to 5.181 y：0 to 8.945 z：0 to 12.166
4.將pdb2文件和所需建模文件（如：water文件）， 一並放到有packmol.exe的文件夾里
5.寫好inp文件
6.打開cmd，輸入計算命令packmol.exe<xx.inp，即可得到所需模型的pdb3文件。
* packmol建模流程的操作視頻鏈接：
鏈接：https://pan.baidu.com/s/1rq3js1cvbMHBWWJXhu6-hA
提取碼：xu08
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二、Modify the charge of atom
# modify charge：
set 0 [atomselect top "name O"]
$0 set charge -1.0500
set 1 [atomselect top "name Al"]
$1 set charge 1.700
set 2 [atomselect top "name Si"]
$2 set charge 2.2700
set 3 [atomselect top "name Ca"]
$3 set charge 1.48
set sel [atomselect top all]
$sel writepsf m1.psf
$sel writepdb m1.pdb
mol load psf m1.psf pdb m1.pdb
topo writelammpsdata m1.data
三、VMD用到幾條重要命令
1.# get the scale of our box：
measure minmax $sel
2.測模型中心點的坐標，命令：
set sel [atomselect top all]
measure center $sel
3.
#1.將模型各原子賦予電荷，用vmd命令——source charge.tcl
#lammps計算時肯定會顯示電荷不呈中性，所以data中電荷還需要修改，平衡電荷后還能成為最終的data：
#法一：excel：excel---數據----導入外部數據-----導入數據-------選擇文本文件1.txT--------選中固定寬度后點擊下一步------下一步------完成-------選擇表中存放位置
#4.上一步中的data 還需要把盒子參數寫進去，source charge.tcl中最后一個命令已算出
四、計算命令：
計算命令：
lmp-mpi < mmt.in >mmt.out &
lmp_mkl < mmt.in >mmt.out
& 查看計算狀態：
“top” 進入后台
“q” 退出來
“Ctrl+ C” 停止計算（前台）
“kill+編號” 停止計算（后台）
