1. InnoDB 引擎
MySQL 5.5 及以后版本中的默認存儲引擎，它的優點如下：災難恢復性好，支持事務，使用行級鎖，支持外鍵關聯，支持熱備份。
InnoDB引擎中的表，其數據的物理組織形式是簇表（Cluster Table），主鍵索引和數據是在一起的，數據按主鍵的順序物理分布。實現了緩沖管理，不僅能緩沖索引也能緩沖數據，並且會自動創建散列索引以加快數據的獲取。
2. MyISAM引擎
它的特性如下：不支持事務；使用表級鎖，並發性差；主機宕機后，MyISAM表易損壞，災難恢復性不佳；可以配合鎖，實現操作系統下的復制備份、遷移；只緩存索引，數據的緩存是利用操作系統緩沖區來實現的。可能引發過多的系統調用且效率不佳；數據緊湊存儲，因此可獲得更小的索引和更快的全表掃描性能。
上面這兩個是最常用的Mysql引擎。它們兩者的主要區別：InnoDB支持事務，MyISAM不支持；MyISAM適合查詢以及插入為主的應用，InnoDB適合頻繁修改以及涉及到安全性較高的應用；InnoDB支持外鍵，MyISAM不支持；清空整個表時，InnoDB是一行一行的刪除，效率非常慢。MyISAM則會重建表；InnoDB支持行鎖，MyISAM的全表鎖；InnoDB中不保存表的行數，如select count(*) from table時，InnoDB需要掃描一遍整個表來計算有多少行，但是MyISAM只要簡單的讀出保存好的行數即可。注意的是，當count(*)語句包含where條件時MyISAM也需要掃描整個表。
總之：MyISAM類型不支持事務處理等高級處理，而InnoDB類型支持；MyISAM類型的表強調的是性能，其執行速度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持，而InnoDB提供事務支持已經外部鍵等高級數據庫功能。
3. MEMORY 存儲引擎
提供內存表，也不支持事務和外鍵。顯著提高訪問數據的速度，可用於緩存會頻繁訪問的、可以重構的數據、計算結果、統計值、中間結果。但是它使用表級鎖，雖然內存訪問快，但如果頻繁的讀寫，表級鎖會成為瓶頸；只支持固定大小的行；不支持TEXT、BLOB字段。當有些查詢需要使用到臨時表（使用的也是MEMORY存儲引擎）時，如果表中有TEXT、BLOB字段，那么會轉換為基於磁盤的MyISAM表，嚴重降低性能。