許多科學的Python發行版，例如Anaconda，Enthought Canopy和Sage，捆綁Cython並且不需要設置。
與大多數Python軟件不同，Cython需要在系統上存在C編譯器。獲取C編譯器的細節因使用的系統而異：
- Linux GNU C編譯器（gcc）通常存在，或通過包系統輕松獲得。例如，在Ubuntu或Debian上，該命令將獲取需要的所有內容。
sudo apt-get install build-essential- Mac OS X要檢索gcc，一個選項是安裝Apple的XCode，可以從Mac OS X的安裝DVD或https://developer.apple.com/中檢索。
- Windows一個流行的選擇是使用開源MinGW（gcc的Windows發行版）。Enthought Canopy和Python（x，y）捆綁MinGW，但附錄中的一些配置步驟可能仍然是必要的。另一種選擇是使用Microsoft的Visual C.然后必須使用與編譯安裝的Python相同的版本。
安裝Cython的最簡單方法是使用pip：
pip install Cython
最新的Cython版本始終可以從https://cython.org/下載 。解壓縮tarball或zip文件，輸入目錄，然后運行：
python setup.py install
對於一次性構建，例如用於CI /測試，在PyPI上提供的一個輪組件未涵蓋的平台上，它比完全源構建快得多，以安裝未編譯（較慢）的Cython版本
pip install Cython --install-option="--no-cython-compile"