1.InnoDB 引擎(MySQL5.5以后默認使用)
MySQL 5.5 及以后版本中的默認存儲引擎，他的優點如下：
災難恢復性好
支持事務
使用行級鎖
支持外鍵關聯
支持熱備份
對於InnoDB引擎中的表，其數據的物理組織形式是簇表（Cluster Table），主鍵索引和數據是在一起的，數據按主鍵的順序物理分布
實現了緩沖管理，不僅能緩沖索引也能緩沖數據，並且會自動創建散列索引以加快數據的獲取
支持熱備份
2.MyISAM引擎
特性如下：
不支持事務
使用表級鎖，並發性差
主機宕機后，MyISAM表易損壞，災難恢復性不佳
可以配合鎖，實現操作系統下的復制備份、遷移
只緩存索引，數據的緩存是利用操作系統緩沖區來實現的。可能引發過多的系統調用且效率不佳
數據緊湊存儲，因此可獲得更小的索引和更快的全表掃描性能
兩種存儲引擎的大致區別表現在：
1）InnoDB支持事務，MyISAM不支持，這一點是非常之重要。事務是一種高級的處理方式，如在一些列增刪改中只要哪個出錯還可以回滾還原，而MyISAM就不可以了。
2）MyISAM適合查詢以及插入為主的應用，InnoDB適合頻繁修改以及涉及到安全性較高的應用
3）InnoDB支持外鍵，MyISAM不支持
4）從MySQL5.5.5以后，InnoDB是默認引擎
5）InnoDB不支持FULLTEXT類型的索引
6）InnoDB中不保存表的行數，如select count(*) from table時，InnoDB需要掃描一遍整個表來計算有多少行，但是MyISAM只要簡單的讀出保存好的行數即可。注意的是，當count(*)語句包含where條件時MyISAM也需要掃描整個表。
7）對於自增長的字段，InnoDB中必須包含只有該字段的索引，但是在MyISAM表中可以和其他字段一起建立聯合索引。
8）清空整個表時，InnoDB是一行一行的刪除，效率非常慢。MyISAM則會重建表。
9）InnoDB支持行鎖（某些情況下還是鎖整表，如 update table set a=1 where user like '%lee%'
有人說MYISAM只能用於小型應用，其實這只是一種偏見。
如果數據量比較大，這是需要通過升級架構來解決，比如分表分庫，讀寫分離，而不是單純地依賴存儲引擎。
現在一般都是選用InnoDB了，主要是MyISAM的全表鎖，讀寫串行問題，並發效率鎖表，效率低，MyISAM對於讀寫密集型應用一般是不會去選用的。
總之：
1.MyISAM類型不支持事務處理等高級處理，而InnoDB類型支持。
2.MyISAM類型的表強調的是性能，其執行速度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持，而InnoDB提供事務支持已經外部鍵等高級數據庫功能。