App 上架 AppStore 需要經過蘋果的審核，違規 App 不能上架。蘋果 iOS 系統有一套完善的加密方案，在不越獄破解的情況下，非 AppStore 下載的 App 需要證書簽名，才能在 iOS 上運行。
證書需要向蘋果申請，有幾類證書。
- 免費證書。用於入門級開發者，可以用 Xcode 真機調試，不能上架 AppStore。
- 個人開發者證書。需要收費，支持個人真機調試，可以將上架 AppStore。
- 公司證書。需要收費，支持多人協作開發，可以將上架 AppStore。
- 企業證書。需要收費，支持企業自己發布 App, 不可以上架到 AppStore。
某些 App 可以通過 Safari 下載，信任證書后正常使用。這種 App 就是用了企業證書。
為什么蘋果公司允許企業證書呢？顧名思義，企業證書是在企業內部使用的。正常情況下，企業證書有如下用途。
某些 App 只是企業內部使用，不方便上架 AppStore。比如企業內部有個 OA 系統，用於員工打卡、請假、收發郵件。企業為 OA 系統開發了 iOS 的 App。這個 App 對企業內部員工很有用，企業外用戶完全無用。因此這個 OA 系統 App 不方便上架 AppStore，就算想上架，也不能審核通過。
某些 App 雖然可上架 AppStore 外發，但新版本還在開發測試過程中。使用企業證書簽名 App，放到網上，員工打開網頁就可下載，方便測試。在開發測試期間，往往一天好幾次構建新安裝包，內部員工（特別是測試人員）在網上可以下載到最新的測試包。
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假如通過企業證書，將一些內容違規（比如色情、政策、版權、隱私等）不能上架的 App 外發給用戶，屬於濫用企業證書。
也有些 App 本身內容並沒有什么不妥，實際可以上架 AppStore。但它包含內購，比如某些會員充值，游戲道具購買之類。蘋果規定，假如 App 內購買的虛擬物品，是用於 App 本身的，就需要接入蘋果的應用內購買(In-App Purchase，IAP), 不能使用第三方支付。但假如使用蘋果的 IAP，內購收益需要分給蘋果三成。有些 App 不想給蘋果分成，想使用微信、支付寶等第三方支付，就用企業證書來分發 App。對於蘋果公司來說，這也是企業證書的濫用。
蘋果公司不允許濫用企業證書。一旦發現，情況惡劣，會封殺企業證書，企業證書被封殺后，企業自己發布的 App 就閃退不能用了。
另一個懲罰是，將開發者(個人或公司）列入黑名單。列入黑名單后，審核通常會非常慢。有時不僅僅是違規 App，而是這個開發者名下的所有 App 審核都非常慢。正常情況下，App 平均審核時間是兩三天。但黑名單上的開發者，有時會審核幾周，甚至幾個月。幾個月不能發布新版本，就會損失很大。
更重的懲罰是，將開發者名下的 App 全部下架，整改后才能重新上架。
有些企業為了避免牽連，有時會用不同的銀行卡注冊不同的開發賬號。需要用不同的銀行卡，因為蘋果公司會檢查銀行卡賬號，銀行卡賬號相同的，基本可以判斷是同一個用戶。自然有時會誤殺。個人開發者，不要將自己的銀行卡借給他人（比如親戚）注冊開發者賬號，不然可能會受到牽連。
蘋果對企業證書管理比較嚴，催生了淘寶上的一個生意，販賣企業證書。有些 App, 因為內容違規或其它原因不能上架，但又不想暴露自己的企業證書。就會在淘寶上購買其他企業證書來簽名發布，跟蘋果公司打游擊戰。淘寶某個企業證書暴露被封殺了，又換一個企業證書重新簽名發布。
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iOS 證書簽名，實際是某種數字簽名。數字簽名基於非對稱加密，目的保證文件沒有被篡改。比如 A 要發文件給 B, A 生成一對私鑰和公鑰。A 保留私鑰，而將公鑰發給 B(或者將公鑰預先給B)。要發文件了，A 就先計算文件的摘要，之后將摘要用私鑰加密。之后將文件和加密摘要一起發給 B，B 就用公鑰將摘要解密，同時計算出文件的摘要信息。之后 B 對比解密后的摘要，和計算出來的摘要，假如兩者相同，就表示文件沒有被篡改。
下面我粗略描述一下認證流程，細節可能有誤。
蘋果有一對私鑰和公鑰，私鑰在他的服務器上，經過重重保護。而對應的公鑰內嵌在每一台 iOS 設備上。
當開發者注冊證書時，會在本機生成私鑰和公鑰，將公鑰上傳給蘋果服務器。蘋果服務器用自身的私鑰，對開發者上傳的公司做數字簽名，生成證書(cer)。經過蘋果的私鑰簽名，就保證這個開發者證書沒有被篡改。這個證書並非公鑰本身，但它包含了公鑰。
同時開發者會將 App 的描述文件(.mobileprovision) 下載回本機。描述文件主要用於控制 App 的權限，比如這個是否推送、是否支持 iCould 等。
原則上，證書(cer) 和描述文件(.mobileprovision) 是可以合並的。但每個 App 的權限都有所不同，於是就將其拆分成證書和描述文件。
當 App 構建簽名時，選擇證書(cer) 和描述文件(mobileprovision)，會尋找對應的私鑰，找不到私鑰就會簽名失敗。之后計算 App 所有資源的摘要，將摘要用私鑰加密，生成一個 _CodeSignature 的目錄。同時會將公鑰和權限信息嵌入到最終生成包中，生成 embedded.mobileprovision。_CodeSignature 中的摘要經過私鑰加密，embedded.mobileprovision 包含對應的公鑰用於加密（這個公鑰經過蘋果自身私鑰的簽名，保證不會被篡改）。私鑰只在本機中保存，用於構建時加密，並不會包含在安裝包中。
上述簽名過程，Xcode 是全自動的，開發者沒有必要了解其過程。整個流程，私鑰都只保存在本機中，並沒有經過網絡，假如私鑰經過網絡傳輸，就可能被竊取而不夠安全。而本機上的私鑰，可以導出成 p12 文件，導入到另一台開發機中。
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用戶安裝這個 App 后，需要手動信任描述文件。信任后，蘋果用自家的公鑰來驗證開發者的公鑰沒有被篡改。再用開發者的公鑰將 _CodeSignature 保持的摘要信息解密，驗證 App 的資源本身沒有被篡改。經過驗證，App 就可以運行。
App 內的描述文件，需要用戶手動選擇信任的。App 不可能在用戶不知情的情況下偷偷運行。企業證書簽名過的 App, 加密的摘要，和用於解密的描述文件都包含在安裝包中。因此用戶用Safari 打開鏈接、安裝、信任描述文件后，就可以運行。
而開發者上傳到 AppStore 上的 App，會經過蘋果的私鑰重新加密簽名。因此在 AppStore 上下載的 App，不用手動點信任，也可以直接運行。iOS 設備必然可信任蘋果自身的證書。
iOS 也有第三方應用商店，比如 PP助手、同步推等等。這些商店號稱免費安裝任何 App，實際是去抓別人的 App，用自己的企業證書重新簽名。因而信任第三方商店證書之后，就可以免費運行眾多收費 App。但這是有隱患的，因為你不知道這些商店重新簽名時，添加了些什么東西。第三方商店為了盈利，也很有動力偷偷添加些佐料。
對於最終用戶，沒有必要理解上述驗證。只需要記住，不要安裝來歷不明的 App。就算不小心安裝了，也不要信任其描述文件。只要不信任，它就沒有辦法運行。只在 AppStore 下載 App，不要為了貪小便宜去第三方商店下載 App，也不要越獄 iOS 系統。現在的手機不單單是電話本身，還是你的錢包、名片，實在太重要了。