第一步：安裝ubuntu （略過）
第二步：下載freesurfer：從freesurfer的官方網站上下載：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download ，此處下載的是freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz
第三歩：安裝freesurfer：
1）把freesurfer的安裝包復制到 /usr/local; 在終端輸入：cp freesurfer所在位置 /usr/local
2) 進入 /usr/local，解壓freesurfer文件，輸入 sudo tar -zxvf 文件名（如：sudo tar -zxvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0.tar.gz）
3) 安裝tcsh (if not), 輸入：sudo apt-get install tcsh; 完成后輸入tcsh，不報錯的話就沒問題了。
4）配置環境變量：輸入：sudo gedit /etc/profile，在最后一行加入：export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
5） sudo gedit /etc/bash.bashrc 在最后一行加入：
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
6) 把注冊時給的license文件復制到/usr/local/freesurfer里面
郵件內容如：
Here is your FreeSurfer license. Place the four lines between theCUT HERE markers in a file named "license.txt" in the directory pointed toby the $FREESURFER_HOME environment variable (see the FreeSurfer documentation).
#---------------CUT HERE---------------
xxxxxx
xxxxx
xxxxx
xxxxx
#---------------CUT HERE---------------
PS：如果未注冊就點擊：http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
7）分別輸入：tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help沒有報錯的話 就說明基本安裝成功了。
8）輸入：recon-all -s bert -autorecon1
等一段時間，出現“recon-all -s bert finished without error at Sat Oct 11 10:07:49 CST 2014 done”
至此，大功告成！！！
其它：由於是ubuntu12.04的操作系統，所以可能會出現以下情況：“qdec.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory”
解決方案：sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjpeg.so.8.0.2 /usr/lib/libjpeg.so.62
reference:
1) http://52brain.com/forum.php?mod=viewthread&action=printable&tid=8723 (http://blog.sina.com.cn/s/blog_594168770101i52v.html)
2) http://wenku.baidu.com/link?url=86-qaV4F97xzdXtlFbXMztEyLij2Y6tTE5Zr5MY8I5lbKSPwRIpWWAcQ_ipLxRPLnknqeu5L9jR0xyuzAgaZq-EK7Jap7cdc8tBlC8OjVW3
3) https://blog.csdn.net/lj695242104/article/details/39988687
4）http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html