在TCGA中，一個患者可能會對應多個樣本，如TCGA-A6-6650可以得到3個樣本數據：
TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07
TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07
TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07
大家知道一般在做TCGA數據分析的時候樣本名實際上只保留到前四個元素（以”-“分割），例如TCGA-A6-6650-01。所以實際上上示3個樣本一般只保留一個，那該怎么取舍呢？
在取舍之前，當然要先搞清楚樣本命名方式：
我們將此示圖以”-“分割，具體拆開解讀一下：
TCGA：Project, 所有TCGA樣本名均以這個開頭，標志
A6：Tissue source site，組織來源編碼，如A6就表示來源於Christiana Healthcare中心的結腸癌組織。更多編碼所代表的意義詳見：
https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/tissue-source-site-codes
6650：Participant, 參與者編號
01：Sample, 這兩個數字可以說是最關鍵、最被大家注意的，其中編號01~09表示腫瘤，10~19表示正常對照，如下：
https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/sample-type-codes
所以在TCGA樣本名中，這個位置最常見的就是01和11，當然偶爾也會有其他的數字
A：Vial, 在一系列患者組織中的順序，絕大多數樣本該位置編碼都是A; 很少數的是B，表示福爾馬林固定石蠟包埋組織，已被證明用於測序分析的效果不佳，所以不建議使用-01B的樣本數據：
所以命名至此，已經可以開始用於區別不同的樣本了，以下將是更細節的描述：
11：Portion, 同屬於一個患者組織的不同部分的順序編號，同一組織會分割為100-120mg的部分，分別使用
R：Analyte, 分析的分子類型，對應關系如下所示：
https://gdc.cancer.gov/resources-tcga-users/tcga-code-tables/portion-analyte-codes
1774：Plate, 在一系列96孔板中的順序，值大表示制板越晚
07：Center, 測序或鑒定中心編碼，更多編碼詳見：
https://tcga-data.nci.nih.gov/datareports/codeTablesReport.htm?codeTable=center
一個借鑒的圖片：
更多內容詳見：
https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode
http://docs.cavatica.org/docs/tcga-grch38-metadata
所以現在看這三個樣本：
TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07
TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07
TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07
其區別就在於，前兩個使用的是患者的冰凍組織做的測序，而第三個用的是福爾馬林固定石蠟包埋組織；而前兩個樣本的區別在於同一組織后續使用了不同的96孔板。
理解了命名規則及三者命名上的主要區別后，現在可以重點解決如何從一個患者的多個樣本中挑選樣本的問題了，首先排除TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07，因為是-01B，福爾馬林固定石蠟包埋組織！剩下的兩個：
TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07
TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07
先看看GDAC firehose遇到這種情況怎么解決，總結起來就是：
1、對RNA數據來說，Analyte為R的優先級最該，其次是R和T，而對於DNA層面的分析來說，D的優先級最高。
2、如果Analyte相同，那就選擇Portion和/或Plate值更大的。
所以按照GDAC firehose的方法，最終保留TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07，因為其相對於TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07的板號(Plate)更晚：
https://github.com/BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks/issues/163
雖然看起來可能這么選比較准確，但是稍微有些麻煩~
然后是cBioPortal中的處理方式：
隨機選擇了一個，理由很簡單啊，來源於同一個患者的癌組織樣本差別不大，小編隨機測試了兩個樣本，表達相關性值是大於0.8的。
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作者：Mr番茄蛋
來源：CSDN
原文：https://blog.csdn.net/qq_35203425/article/details/80851862
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