unset PYTHONPATH
echo $PYTHONPATH
# https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ # https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc ## 安裝好conda后需要設置鏡像。 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes conda create -n atac -y python=2 bwa conda info --envs source activate atac # 可以用search先進行檢索 conda search trim_galore ## 保證所有的軟件都是安裝在 wes 這個環境下面 conda install -y sra-tools conda install -y trim-galore samtools bedtools conda install -y deeptools homer meme conda install -y macs2 bowtie bowtie2 conda install -y multiqc conda install -y sambamba
代碼里面提到的軟件，都是根據我們對ATAC-seq搜索學習總結的。
值得一提的是自己為了ATAC-seq建立的軟件環境可以很方便移植到另外一台電腦!
首先通過activate target_env要分享的環境target_env，然后輸入下面的命令會在當前工作目錄下生成一個environment.yml文件，
conda env export > environment.yml
小伙伴拿到environment.yml文件后，將該文件放在工作目錄下，可以通過以下命令從該文件創建環境
conda env create -f environment.yml